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[新手求助] 能否将mopac算完的文件生成GROMACS的拓扑文件

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之前用mopac算了一个很大的体系,现在想跑一下分子动力学,如果参照sob老师的《使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件》一文来创建文件的话,需要用fchk文件来生成RESP电荷,那我是否还需要重新用gauss优化一遍结构呢,谢谢各位老师指点
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发表于 Post on 2023-2-9 01:15:23 | 只看该作者 Only view this author
说具体算的体系的特征(最好截图)、MOPAC里用的什么方法,否则没法判断MOPAC优化完的结构的合理性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-9 09:13:48 | 只看该作者 Only view this author
关键词用的是PM6-D3H4 charge=8 recalc=10 flepo gnorm=1.0 dmax=0.10
结构是一个900多个原子的正四面体金属笼,这个图片是我文献中找的(doi.org/10.1002/anie.202212634),优化完的原图和这个差不多,没有虚频
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-9 09:14:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-9 01:15
说具体算的体系的特征(最好截图)、MOPAC里用的什么方法,否则没法判断MOPAC优化完的结构的合理性

老师,具体信息我发在下一楼了
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发表于 Post on 2023-2-10 03:07:10 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2023-2-9 09:13
关键词用的是PM6-D3H4 charge=8 recalc=10 flepo gnorm=1.0 dmax=0.10
结构是一个900多个原子的正四面体金 ...

过渡金属体系用半经验方法可靠性不高,至少用xtb在GFN-xTB下也优化一下看看,如果相差较大,虽然GFN-xTB的也不一定靠谱,但半经验的不靠谱的概率更大。如果相差不大,那可能还凑合能用,但也要凭借基本结构化学常识判断优化完的合理性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-10 19:56:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-10 03:07
过渡金属体系用半经验方法可靠性不高,至少用xtb在GFN-xTB下也优化一下看看,如果相差较大,虽然GFN-xTB ...

那用xtb优化之后,可以像高斯一样用Multiwfn来生成跑gromacs的文件吗,我之前好像没有看到相关内容,还请老师解答一下
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发表于 Post on 2023-2-10 23:36:28 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2023-2-10 19:56
那用xtb优化之后,可以像高斯一样用Multiwfn来生成跑gromacs的文件吗,我之前好像没有看到相关内容,还请 ...

不能
产生小分子GROMACS拓扑文件是sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)干的事。mdp自己手动编辑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-11 11:54:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-10 23:36
不能
产生小分子GROMACS拓扑文件是sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)干的事。mdp自己手动编辑

不好意思社长,我的问题没有说清楚,之前的博文中说gauss生成的fch文件,可以用于Multiwfn中计算RESP电荷。那xtb或mopac优化结构后生成的文件,是否可以直接用于Multiwfn计算RESP电荷?还是说只能gauss再优化结构拿到chk文件才行?
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tsgyls 发表于 2023-2-11 11:54
不好意思社长,我的问题没有说清楚,之前的博文中说gauss生成的fch文件,可以用于Multiwfn中计算RESP电荷 ...

至少你得做个DFT单点计算得到波函数文件
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sobereva 发表于 2023-2-12 04:43
至少你得做个DFT单点计算得到波函数文件

明白了,谢谢社长解答
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