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[GROMACS] Gromacs的hbond ... -life命令分析氢键寿命求助

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做了一个蛋白质的自组装,理论上随着时间的进行。hbond  ...-life下氢键寿命应该随着反应的进行逐渐增加并趋于稳定,但我通过该命令发现随着时间的增加,-life命令下,却逐渐减小接近于0。似乎-life下并不是氢键寿命。应该指的是氢键出现的概率。请问寿命(lifetime)如何分析?

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发表于 Post on 2019-12-14 12:31:28 | 只看该作者 Only view this author
如果你是指输出文件里给出的HB lifetime,这个就是你选的两个组之间的氢键的平均寿命,这个量没有问题,能够说明氢键的稳定性。我不知道你的组是怎么选的,具体什么结构,没法说明接近0的原因
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-3-21 15:24:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-14 12:31
如果你是指输出文件里给出的HB lifetime,这个就是你选的两个组之间的氢键的平均寿命,这个量没有问题,能 ...

请教一下老师,gmx hbond里面-fitstart 这个相关函数拟合开始的时间,和-beginfit相关函数指数拟合开始时间是啥关系啊,我想用相关函数来计算氢键寿命,不太明白这两个什么关系

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发表于 Post on 2020-10-19 16:58:05 | 只看该作者 Only view this author
Riddermark 发表于 2020-3-21 15:24
请教一下老师,gmx hbond里面-fitstart 这个相关函数拟合开始的时间,和-beginfit相关函数指数拟合开始时 ...

您好,我也是做蛋白质的自组装,我想请问一下,您是怎么统计a螺旋中氢键数量以及b-sheet中氢键的数量

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发表于 Post on 2020-11-1 14:16:46 | 只看该作者 Only view this author
随风 发表于 2020-10-19 16:58
您好,我也是做蛋白质的自组装,我想请问一下,您是怎么统计a螺旋中氢键数量以及b-sheet中氢键的数量

gmx hbond的时候让你输入两个组,都输入alpha螺旋部分的组统计的就是这部分的内部的氢键
你需要自行创建索引文件把alpha螺旋的原子和beta折叠的原子定义为成两个组,提供给gmx hbond
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发表于 Post on 2020-11-2 14:06:05 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-2 17:59:42 | 只看该作者 Only view this author
很佩服Sob做事情的态度,如果中国哪怕有1/5的学者能达到这样,国家科技何愁没有希望!

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发表于 Post on 2023-2-9 17:30:29 | 只看该作者 Only view this author
Riddermark 发表于 2020-3-21 15:24
请教一下老师,gmx hbond里面-fitstart 这个相关函数拟合开始的时间,和-beginfit相关函数指数拟合开始时 ...

您好,使用相关函数计算氢键寿命的问题,您解决了么?若解决了,麻烦您讲解一下呗

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