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[综合交流] gaussian计算天然产物化学位移与实验值不符应该怎么解决

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各位老师,根据sob老师谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com),我在B972/def2TZVP水平下计算了一种天然海洋产物的nmr,但其中央环状结构的Cnmr却相差很大,想问下应该如何继续优化?

3-4-nmr.log

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发表于 Post on 2022-5-20 10:54:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-5-20 14:02 编辑

建议试试pcSseg-2基组。另外,如果实验是在溶剂里测的,你也要在隐式溶剂里做NMR计算
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-20 11:31:32 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-5-20 10:54
建议试试pcSseg-2基组

好的,我试试,谢谢大神

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发表于 Post on 2022-5-20 14:55:31 | 只看该作者 Only view this author
另外注意考虑构象平均效应,Stefan Grimme做过这方面的工作,发现除非对于极其简单的(比如10个重原子以内的)体系以外,不做构象平均得到的结果完全不可信。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-5-20 18:01:31 | 只看该作者 Only view this author
尝试此文的方法
revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择
http://sobereva.com/623http://bbs.keinsci.com/thread-25918-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2022-5-26 11:27:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-20 14:55
另外注意考虑构象平均效应,Stefan Grimme做过这方面的工作,发现除非对于极其简单的(比如10个重原子以内 ...

除非花费特别大的精力,DFT模拟的氢谱还没有MestReNova可信。感觉计算氢谱没有太大的意义,除了刚性结构部分的氢原子,化学位移都不可信。

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发表于 Post on 2022-5-26 15:17:46 | 只看该作者 Only view this author
星斗如盘 发表于 2022-5-26 04:27
除非花费特别大的精力,DFT模拟的氢谱还没有MestReNova可信。感觉计算氢谱没有太大的意义,除了刚性结构 ...

对于常见分子确实是的。但是如果来一个有大环电流的体系(比如卟啉),或者反芳香的体系,或者构象影响很大的体系(比如麦芽糖和纤维二糖),或者有过渡金属的体系,那MestReNova就瞎眼了。这些也是DFT计算核磁最主要的应用领域,MestReNova对于大部分有机分子足够了,但是总有不够的情况,这些情况就需要DFT了。

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Zikuan Wang
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Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
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发表于 Post on 2023-2-18 15:18:14 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主,天然产物里计算化合物的化学位移值是为了什么?印象里通常都是结构中某个位置构型差异导致的化学位移有差别,为了确定这个构型才需要将实验值与两个构型的计算值做对比,并且一般都是结合一个叫DP4+的方法做分析比较多。但用于DP4+分析的NMR计算泛函和基组基本都是固定的,所以计算结果基本都不会跟实验值很吻合。

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发表于 Post on 2023-2-18 15:59:31 | 只看该作者 Only view this author
用标度法来算,又快又准
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354

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