复合物rmsd和蛋白rmsd重合

xiong_xin

各位老师，请问对蛋白配体复合物进行gromacs模拟时，是需要单独跑一个空蛋白的模拟轨迹和复合物的轨迹吗，我只跑了复合物的，提取轨迹中蛋白的rmsd和复合物的重合在一起，感谢各位老师指教

dzdhp

复合物只是在蛋白质的基础上加了个配体而已，蛋白质还是占大头，二者模拟轨迹是高度重合的，若是有比较强的相互作用把配体束缚在结合位置，轨迹就不会相差很大，若是作用力比较小，配体位置或构型发生变化，复合物和蛋白质差的就比较大。总而言之就是你这个很正常，没毛病