求助：水溶液中巯基苯硼酸分子模拟报错

nku_linz

一个水溶液中的巯基苯硼酸分子跑MD，能量最小化后进行平衡相模拟，分子结构如下：


程序提示bonds that rotated more than 30 degrees，依次按照以下步骤调整：


1. 先尝试了缩小步长至1fs和0.5fs，同时去掉对氢键的约束，升温由原来的30ps内升温到298K改成200ps内升温，程序在低温时可以正常跑

此时提示pressure scaling more than 1%和One or more water molecules can not be settled


2. 去掉压浴，仍提示One or more water molecules can not be settled


3. 恢复氢键约束，在小步长下缓慢升温，低温时正常跑，温度上去了还是不行，提示bonds that rotated more than 30 degrees

4. 查看报错的两个原子的拓扑文件，参数如下：
name      at.num  mass     charge ptype  sigma      epsilon
UF_B         5    10.811028    0.000000    A      3.637539E-01    7.531200E-01

ca           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01


拓扑文件采用sob老师开发的sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop/）产生，B原子没有指认到GAFF原子类型，自动用了UFF。是不是我这里联用不合理？能转化为GAFF类型吗？

牧生

你确定这是苯硼酸吗？8和15号是什么原子？
如果你觉得uff不是很合理，你参考一下sobtop的例1教程。

nku_linz

牧生 发表于 2023-2-25 10:45
你确定这是苯硼酸吗？8和15号是什么原子？
如果你觉得uff不是很合理，你参考一下sobtop的例1教程。

是巯基苯硼酸，已修改帖子

牧生

因为你include的顺序是水，巯基苯硼酸，但[ molecules ]出现的顺序是水，巯基苯硼酸。。你试试把
[ molecules ]
; Molecule      nmols
MPBA     1
SOL         879

改成

[ molecules ]
; Molecule      nmols
SOL         879
MPBA     1
而且，我自己试了一下，我得到的巯基苯硼酸和你的itp是不一样的，你可以试试我这个，我跑了一下，是没有问题的
      B.pdb (1.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

2023-2-25 14:20 上传 Uploaded

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nku_linz

牧生 发表于 2023-2-25 14:15
因为你include的顺序是水，巯基苯硼酸，但[ molecules ]出现的顺序是水，巯基苯硼酸。。你试试把
[ molecu ...

好的，多谢指点，我尝试用你的跑一下

请问你的.pdb文件是在哪下载的？我是从pub chem下载的sdf，然后用Obabel生成3D结构，然后用Multiwfn计算RESP电荷，再生成的.itp文件，不知道步骤跟你一不一样？

牧生

nku_linz 发表于 2023-2-25 15:40
好的，多谢指点，我尝试用你的跑一下

请问你的.pdb文件是在哪下载的？我是从pub chem下载的sdf，然后 ...

舍近求远，简单复杂化。
自己画一个结构式，存为mol2格式或者pdb格式，也就半分钟罢了。

nku_linz

牧生 发表于 2023-2-25 15:44
舍近求远，简单复杂化。
自己画一个结构式，存为mol2格式或者pdb格式，也就半分钟罢了。

请问你的电荷有替换成RESP电荷吗？

牧生

nku_linz 发表于 2023-2-25 16:18
请问你的电荷有替换成RESP电荷吗？

已经替换为RESP电荷

nku_linz

牧生 发表于 2023-2-25 16:58
已经替换为RESP电荷

好的，谢谢，我再次尝试

nianbin

使用卢老师sobtop可以完美解决