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[GROMACS] 求助:无溶剂跑npt分子没有聚集怎么处理

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想在无溶剂的情况下跑npt让盒子自动收缩到成膜的大小,但是试了几次都没有成功,分子都特别散(总共70个分子),换了另一种分子也是如此,请大家帮忙看看是不是我文件的参数设置有问题npt的mdp文件
integrator               = md
dt                       = 0.002
nsteps                   = 100000

nstxout                  = 500
nstvout                  = 500
nstfout                  = 500
nstenergy                = 500
nstlog                   = 500

cutoff-scheme            = Verlet
nstlist                  = 20
rlist                    = 1.0

coulombtype              = PME
pme_order                = 4
fourierspacing           = 0.16
rcoulomb                 = 1.0
vdwtype                 = Cut-off
rvdw                     = 1.0

Tcoupl                   = v-rescale
tc-grps                  = system
tau_t                    = 0.1
ref_t                    = 300

DispCorr                 = EnerPres

Pcoupl                   = berendsen
Pcoupltype               = isotropic
tau_p                    = 2.0
ref_p                    = 1.0
compressibility          = 4.5e-5
refcoord_scaling         = com

gen_vel                  = no

constraints              = h-bonds
continuation             = no
constraint_algorithm     = lincs
lincs_iter               = 1
lincs_order              = 4


跑完后的样子


222.png (295.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

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发表于 Post on 2023-2-23 04:20:29 | 只看该作者 Only view this author
那么大真空区,明显不适合用EnerPres
把压浴的时间常数设小,免得盒子减小得太慢
加大范德华作用的cutoff和rlist,否则离得太远的原子都没有色散吸引
初始结构能建得多紧凑就多紧凑,达到平衡所需的时间会少得多,还能令计算速度快得多
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发表于 Post on 2023-2-23 08:36:39 | 只看该作者 Only view this author
做过类似的,讲点小经验。
你这个看起来像是gromos的联合原子力场,这不如GAFF全原子力场好。
就算NPT跑下来,我估计也不会只会得到一团较小的无规聚集体,并不会形成“膜的大小”。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-23 10:27:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-23 04:20
那么大真空区,明显不适合用EnerPres
把压浴的时间常数设小,免得盒子减小得太慢
加大范德华作用的cutoff ...

我是用随机插入分子的方式构建的,插入的个数满了就算是紧凑了吗
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-23 10:32:23 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-2-23 08:36
做过类似的,讲点小经验。
你这个看起来像是gromos的联合原子力场,这不如GAFF全原子力场好。
就算NPT跑 ...

谢谢,我用的力场是GAFF,那该如何跑成膜呢,用semiisotropic可以吗
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发表于 Post on 2023-2-24 06:39:49 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2023-2-23 10:32
谢谢,我用的力场是GAFF,那该如何跑成膜呢,用semiisotropic可以吗

这种体系本来也不会自发形成膜。要想成为膜,要么结构特征有自发成为膜的趋势,要么需要施加外部作用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-24 10:38:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tsgyls 于 2023-2-24 17:44 编辑
sobereva 发表于 2023-2-24 06:39
这种体系本来也不会自发形成膜。要想成为膜,要么结构特征有自发成为膜的趋势,要么需要施加外部作用

谢谢社长的解答。
想要成膜是因为实验中他们就用该分子,通过甩膜机制成了膜;我设置了一个巨大的真空区解决了不能成团的问题,想知道这个做法合理吗;
此外,社长您之前说说初始结构能建得多紧凑就多紧凑,我是用随机插入的方式直到插满盒子为止,还有比这更紧凑的方式吗
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发表于 Post on 2023-2-25 03:42:29 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2023-2-24 10:38
谢谢社长的解答。
想要成膜是因为实验中他们就用该分子,通过甩膜机制成了膜;我设置了一个巨大的真空区 ...

能成团,但不能成膜

不知道你怎么插的。如果用的gmx insert-molecules,改用packmol能插得更满。明显盒子里还有很大的真空区,packmol不可能插不进去
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发表于 Post on 2023-2-25 11:00:08 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2023-2-24 10:38
谢谢社长的解答。
想要成膜是因为实验中他们就用该分子,通过甩膜机制成了膜;我设置了一个巨大的真空区 ...

既然他们通过甩膜机制成了膜,那么,模拟时就应该施加外力,你就不能用模拟让它“自发”形成膜。

在gmx中,最接近你想要的功能就是deform。用deform的话,盒子可以被挤压成砖头状的一个扁平状的薄片,如果再继续挤压,可能因为截断距离的原因,gmx会报错。自己多尝试改截断,或者别的一些参数,原则上能实现你想要的。


你也可以在盒子左右放入金属块,中间放你的分子,然后pull两端的金属块,实现挤压。但这相当于在一个密闭的筒内挤压,中间的分子会被压成致密的薄片,并不一定会形成“膜”。也有可能pull到一定程度,原子间的力太大,gmx会报错。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-25 11:50:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tsgyls 于 2023-2-25 21:45 编辑
sobereva 发表于 2023-2-25 03:42
能成团,但不能成膜

不知道你怎么插的。如果用的gmx insert-molecules,改用packmol能插得更满。明显 ...

明白了,谢谢社长。我用packmol试了一下,发现还不如insert-molecules,可能对于这类分子不太好用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-25 11:59:48 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-2-25 11:00
既然他们通过甩膜机制成了膜,那么,模拟时就应该施加外力,你就不能用模拟让它“自发”形成膜。

在gm ...

感谢您的解答。
我还有一个问题,跑md最终是想看分子和分子间的ππ堆积,参考的文献里用了300个分子(原子大概在60),我分子的原子数在230左右,这个分子的数量设置多少比较好,可以不用塞这么多吗
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发表于 Post on 2023-2-26 03:09:27 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2023-2-25 11:50
明白了,谢谢社长。我用packmol试了一下,发现还不如insert-molecules,可能对于这类分子不太好用[/backc ...

不存在packmol不如insert-molecules好用的情况,只可能自己用得不对
肉眼都能看出来那么大的真空区packmol还塞不进去额外数目的分子就怪了
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发表于 Post on 2023-2-26 03:11:18 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2023-2-25 11:59
感谢您的解答。
我还有一个问题,跑md最终是想看分子和分子间的ππ堆积,参考的文献里用了300个分子( ...

变得充分致密之后,如果分子数不够,对应的盒子就太小,可能都不满足cutoff大于盒子最短边长的一半的强制要求。即便满足此要求,如果盒子太小,计算出的一些性质也不合理。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-26 20:37:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tsgyls 于 2023-2-26 21:41 编辑
sobereva 发表于 2023-2-26 03:09
不存在packmol不如insert-molecules好用的情况,只可能自己用得不对
肉眼都能看出来那么大的真空区packm ...

我通过vmd也看到盒子内还有很多真空区,但是packmol就是塞不进,循环几百次都不行的那种
会不会是我的分子太柔性了(有四个长的柔性链,原子个数273)
packmol关键词用的是社长您之前的例子
tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output 200_box.pdb
structure 200.pdb
  number 200
  inside cube 0. 0. 0. 140.
end structure
社长您看这里有什么问题吗至于您说的分子太少使得盒子太小,大概估计了一下,200个分子,致密后盒子的边长可能在8-10纳米左右,没有特别小吧
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发表于 Post on 2023-2-27 04:04:14 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2023-2-26 20:37
我通过vmd也看到盒子内还有很多真空区,但是packmol就是塞不进,循环几百次都不行的那种
会不会是我的分 ...

packmol不考虑分子内部结构变化,跟柔性没直接关系
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