求助如何令fchk文件坐标旋转，以使分子平面在X-Y平面上

chenglei · 发表于 Post on 2023-7-10 15:21:28

最近在学习sob老师IRI平面填色图绘制的部分时遇到个困难，在用Multiwfn绘制IRI平面填色图时，选项中只有“ 1: XY plane 2: XZ plane 3: YZ plane”，然而已计算的分子平面并不在XY（或者XZ、YZ）上，总是略有倾斜，导致分子呈现出两侧较弱的结构，与实际情况不符，
基于此，请问是否有方法将fchk文件的坐标轴旋转进行旋转，使分子平面落入X-Y平面以绘制IRI填色图？或者输入IRI平面填色图绘制命令有其他途径可以识别偏转的平面？向各位老师求助~
已尝试方法：采用sub老师的脚本（http://sobereva.com/177）旋转分子的gjf文件至分子与X-Y平面重合，但计算过后得到的log和fchk文件均会产生角度偏转（已去掉角坐标，只保笛卡尔坐标，但仍然发生偏转，已在gjf文件和log文件的坐标中比对过，确实会发生偏转）图如下，分子左右两侧偏离X-Y平面，弱相互作用难以显示

感谢各位老师的解答！

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-7-10 15:28:19

你是没写nosymm关键词么？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-10 15:51:02

你在Multiwfn里用三个原子定义一个平面不就行了，没必要非得对某个笛卡尔平面作图。看下文4.2节里的相关信息
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

另外，Multiwfn也直接提供了功能使得某个分子平面平行于笛卡尔平面，下文说了
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）
注意旋转完了之后做计算时要加上nosymm免得被自动调整到标准朝向，下文说了
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html）

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