计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5368|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] 求助:想要求助磷酸氢根离子的Amber力场的力场参数,查文献实在找不到。

[复制链接 Copy URL]

49

帖子

0

威望

691

eV
积分
740

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
求助:想要求助磷酸氢根离子的Amber力场的力场参数,查文献实在找不到。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-10-1 16:56:04 | 只看该作者 Only view this author
里面的几种原子在GAFF里都有合适的原子类型,根据原子类型判断要用的参数就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

49

帖子

0

威望

691

eV
积分
740

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-2 19:25:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-1 16:56
里面的几种原子在GAFF里都有合适的原子类型,根据原子类型判断要用的参数就完了

sob老师,我查找的原子类型参数里面都没写各原子的电荷,现在就是想知道磷酸氢根离子中原子类型的电荷是多少。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-10-2 21:50:53 | 只看该作者 Only view this author
zcw 发表于 2021-10-2 19:25
sob老师,我查找的原子类型参数里面都没写各原子的电荷,现在就是想知道磷酸氢根离子中原子类型的电荷是 ...

用Multiwfn自己算RESP或RESP2(0.5)电荷。本来原子类型和原子电荷就没任何直接对应关系
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

49

帖子

0

威望

691

eV
积分
740

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-2 21:55:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-2 21:50
用Multiwfn自己算RESP或RESP2(0.5)电荷。本来原子类型和原子电荷就没任何直接对应关系
RESP拟合静电势电 ...

好的,谢谢sob老师。

6

帖子

0

威望

105

eV
积分
111

Level 2 能力者

6#
发表于 Post on 2023-7-2 20:41:01 | 只看该作者 Only view this author
zcw 发表于 2021-10-2 21:55
好的,谢谢sob老师。

请问您的磷酸氢根离子力场参数现在算成功了吗,我算出的结果能量最小化进行不下去,可以交流下吗?

4

帖子

0

威望

111

eV
积分
115

Level 2 能力者

7#
发表于 Post on 2024-7-4 22:16:17 | 只看该作者 Only view this author
照夜清 发表于 2023-7-2 20:41
请问您的磷酸氢根离子力场参数现在算成功了吗,我算出的结果能量最小化进行不下去,可以交流下吗?

你好,请问你最终解决了吗?求指教

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 13:07 , Processed in 0.188029 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list