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[GROMACS] 跑一个约64000个原子的蛋白-小分子体系GPU加不上速

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楼主
各位老师好,我在跑一个约64000个原子的蛋白-小分子体系,在GPU加速的情况下模拟100ns要72h,好慢啊,不知道哪的原因。
sob老师的gromacs 2020.6
电脑配置:CPU:13thGenIntel(R)Core(TM)i7-13700H
GPU:NVIDIA GeForce RTX 3080Ti
gmx mdrun -deffnm md_0_10 -gpu_id 0 -nb gpu -bonded gpu -pme gpu -pmefft gpu -ntmpi 1 -ntomp 8 -pin on -update gpu -v


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分子模拟晶戈

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发表于 Post on 2024-11-11 17:11:04 | 只看该作者 Only view this author
那个版本的update有问题不生效,装一个linux系统然后安装新的gmx跑吧

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3#
发表于 Post on 2024-11-12 12:58:11 | 只看该作者 Only view this author
看输出信息,弄清楚到底GPU加速了没有
另外,追求GPU加速效率应当用更新的版本
没事甭自己改fourierspacing,答疑时老看到有人改这个,莫名其妙,都不知道哪学来的
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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