VMD如何根据计算得到的RMSF值着色？

DuMilk · 发表于 Post on 2024-4-10 10:08:16

本帖最后由 DuMilk 于 2024-4-10 10:08 编辑

在跑完分子动力学模拟后，能否根据MD模拟计算出的蛋白质主链上α碳原子的RMSF值，根据RMSF值使用VMD给每个蛋白质残基上色？想要体现不同蛋白质残基的波动情况。
这应该与PDB文件B因子着色方式比较类似，能否以RMSF值替换B因子？

我使用的Amber软件跑的分子动力学模拟，故得到的是.prmtop文件和.nc文件，谢谢各位老师。

想要实现文献中类似的效果：The changes in RMSF of each α-carbon are shown using a different color (note the color scale).

dzdhp · 发表于 Post on 2024-4-10 15:10:37

可以用gmx rmsf命令将RMSF转换为b因子并输入到pdb，详细命令看手册

dzdhp · 发表于 Post on 2024-4-10 15:11:51

抱歉看错了，gromacs是这样操作的，amber我也不知道咋弄

DuMilk · 发表于 Post on 2024-4-10 21:39:58

dzdhp 发表于 2024-4-10 15:10
可以用gmx rmsf命令将RMSF转换为b因子并输入到pdb，详细命令看手册

非常感谢，我找到了Amber也有对应的工具Cpptraj。有需要的可以查看文档https://amberhub.chpc.utah.edu/atomicfluct-rmsf/

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