free energy landscape 用amber怎么作？

18217265596 · 发表于 Post on 2023-3-20 16:43:48

在amber的这个教程里https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial22/section3.php
有这么一张图，是把不同的结构投影到free energy landscape上，但我不是很清楚这个图有没有什么便捷的绘制方法
通过教程里的cpptraj脚本
可以得到pca12-ca
analyzemodesflu.dat
analyzemodesdis.dat
evecs-ca.dat
covmat-ca.dat
找到文章si里相关部分
想问问有没有什么现成的脚本或方法实现这样的图的绘制？
总感觉我找错了方向
pca相关了解不多还望请教各位

likejade · 发表于 Post on 2023-3-20 21:00:56

没有用过amber，但plumed程序可以统计绘制这种势能面的图。
Metadynamics等增强采样方法可以得到势能面的原始数据。

18217265596 · 发表于 Post on 2023-3-20 22:00:29

likejade 发表于 2023-3-20 21:00
没有用过amber，但plumed程序可以统计绘制这种势能面的图。
Metadynamics等增强采样方法可以得到势能面的 ...

谢谢回复
刚看到社长的帖子http://sobereva.com/73
基本没问题了我看看您说的plumed

rpestana94 · 发表于 Post on 2023-3-21 00:11:16

if you have interest of using this kind of simulation, professor Miao developed a tool for this, GLOW, http://miaolab.org/GLOW/

As far I understand it will run the simulation and will give you this kind of plot from your simulation using Gamd which is an improvement of aMD

18217265596 · 发表于 Post on 2023-3-22 09:28:34

rpestana94 发表于 2023-3-21 00:11
if you have interest of using this kind of simulation, professor Miao developed a tool for this, GLO ...

thank you for your generous reply
i'll check and learn to use the tool

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] free energy landscape 用amber怎么作？