高斯以晶体结构为初始结构优化，两个配体间出现了一定程度的扭曲

xezhang · 发表于 Post on 2023-3-31 16:17:09

老师们好~我最近在学习用高斯优化分子的基态几何结构，遇到了一个问题：原文献表明两个配体之间几乎是共平面的，而我取实验给出的晶体结构为初始结构，经高斯优化后的几何结构显示两个配体间出现了一定程度的扭曲，这一现象与文献不符。求助各位老师应该如何解决呢？输入输出文件见附件

wjc404 · 发表于 Post on 2023-3-31 17:06:35

这个分子右边的五氟苯基的旋转能垒应该很小，其实际朝向容易受到周边分子的影响。如果所算性质和这个基团的朝向紧密相关，可以在结构优化时冻结相应的二面角，或者干脆用周期性体系的计算程序直接去优化晶体结构。

chands · 发表于 Post on 2023-3-31 17:12:20

我补充一句，这个分子的柔性比较大，估计有一堆构象，另外，晶体的结构和气相的结构未必相同，而Gaussian是优化气相（真空）结构，如果要优化晶体中的结构，如楼上所说，要用周期性体系的程序（如CP2K）去算。

xezhang · 发表于 Post on 2023-3-31 19:03:34

你好~请问怎么在优化的时候冻结相应的二面角呀

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-1 09:07:17

xezhang 发表于 2023-3-31 19:03
你好~请问怎么在优化的时候冻结相应的二面角呀

在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

并且仔细看此文
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

xezhang · 发表于 Post on 2023-4-1 15:22:28

sobereva 发表于 2023-4-1 09:07
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.ht ...

老师好~我想在优化之后与文献保持一致，也使得两个配体之间共平面，那我在优化的时候是否要冻结以下图片所示的原子呢？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-2 04:33:41

xezhang 发表于 2023-4-1 15:22
老师好~我想在优化之后与文献保持一致，也使得两个配体之间共平面，那我在优化的时候是否要冻结以下图片 ...

不知道你为何执着于共平面，非要约束成晶体结构去优化，得到的根本就不是真空下的极小点结构，之后振动分析也大概率会有虚频。仔细看569号博文想清楚情况

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[新手求助] 高斯以晶体结构为初始结构优化，两个配体间出现了一定程度的扭曲