力场分配的原子类型识别问题

zaqxs234 · 发表于 Post on 2023-4-11 18:12:56

最近在阅读各个力场参数文件，想写一套分子力场原子类型识别算法，把常用的分子力场都包括进来。过程中发现同一元素的原子分配具有一定的优先级，但是我看很多力场的原始文件里并没有给出优先级顺序，这种情况一般根据经验进行判断即可吗？
而且还有一个非常“离谱”（庞大）的opls-aa力场，同一原子类型还对应了多个Type-ID，其对应的sigma和epsilon也不同，需要根据不同的连接分子或者环境进行识别，目前感觉对于opls-aa力场的分配识别工具都做的不是很全面，即便是使用开发者的LigParGen，不知道我的理解是否正确？请各位老师批评指正

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-12 11:53:45

可以参考Ambertools里的atomtype的代码及涉及到的相关文件，有不少细节，可以指认GAFF和AMBER原子类型

zaqxs234 · 发表于 Post on 2023-4-12 15:14:10

sobereva 发表于 2023-4-12 11:53
可以参考Ambertools里的atomtype的代码及涉及到的相关文件，有不少细节，可以指认GAFF和AMBER原子类型

好的，谢谢社长指点，我去学习一下

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-4-19 13:24:42

我们开发了一个力场辅助工具，支持原子类型的识别，识别规则和优先级都是是我们花了大量的精力，人工基于原始文献慢慢整理出来的，虽然不一定完全正确，但是支持的力场类型还是比较多的。欢迎免费使用：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom

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[综合交流] 力场分配的原子类型识别问题

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