求助：做完md模拟后，盒子扩大4倍

ngaoo · 发表于 Post on 2024-3-7 19:25:04

本帖最后由 ngaoo 于 2024-3-7 20:07 编辑

老师，我做的是液体体系的模拟，
A盒子：20个有机小分子+乙醇+水
B盒子：20个有机小分子+两种其他有机小分子若干+少量水分子
A盒子在做完1ns的npt模拟后盒子大小没有变化，在做完md模拟（100ns的npt）后盒子从5nm扩大到20nm
B盒子和A做的同一种模拟，盒子大小从5nm变为了3nm。
1.这种情况实验现象能解释是不是就是正确的？
2.烦请老师看下我的设置是否合理
第一步：min
第二步：npt（1ns）
第三步：md（100ns的npt）

md(100ns-npt).mdp (1.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

min.mdp (1.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

dzdhp · 发表于 Post on 2024-3-8 08:50:15

正式模拟的时候把Berendsen切换为PR

ngaoo · 发表于 Post on 2024-3-8 09:12:58

dzdhp 发表于 2024-3-8 08:50
正式模拟的时候把Berendsen切换为PR

谢谢你，其他的参数都没问题嘛

dzdhp · 发表于 Post on 2024-3-8 09:30:29

ngaoo 发表于 2024-3-8 09:12
谢谢你，其他的参数都没问题嘛

看不出来

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-3-8 10:32:21

ngaoo 发表于 2024-3-8 09:12
谢谢你，其他的参数都没问题嘛

个人感觉npt的时间可能不够，而且你这个最后的md模拟为什么还要退火？（可能你是对的我好奇问问

ngaoo · 发表于 Post on 2024-3-8 13:36:55

wanzongliang 发表于 2024-3-8 10:32
个人感觉npt的时间可能不够，而且你这个最后的md模拟为什么还要退火？（可能你是对的我好奇问问

MD模拟100ns还不够嘛
sob老师说过要先提高温度再降低到自己体系的温度，所以我就做了退火

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-3-9 08:32:01

ngaoo 发表于 2024-3-8 13:36
MD模拟100ns还不够嘛
sob老师说过要先提高温度再降低到自己体系的温度，所以我就做了退火

最后的md模拟是用来数据采集的吧？你应该在你的npt阶段达到平衡我感觉

ngaoo · 发表于 Post on 2024-3-9 09:08:02

wanzongliang 发表于 2024-3-9 08:32
最后的md模拟是用来数据采集的吧？你应该在你的npt阶段达到平衡我感觉

是的，npt做完后除了体积在不断增长，其他指标都平衡了

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-3-9 09:47:38

ngaoo 发表于 2024-3-9 09:08
是的，npt做完后除了体积在不断增长，其他指标都平衡了

我自己的理解是最后的md模拟阶段应该是数据采集阶段，在这之前你应该已经平衡了体系，所以我觉得你可能应该在npt阶段模拟退火并增加模拟时间，最后进行数据采集的时候体系就不会再变化了

ngaoo · 发表于 Post on 2024-3-9 11:00:04

wanzongliang 发表于 2024-3-9 09:47
我自己的理解是最后的md模拟阶段应该是数据采集阶段，在这之前你应该已经平衡了体系，所以我觉得你可能应 ...

npt有进行模拟退火，你的意思是我再加长模拟时间，体积就不会变化了吗？
做完1ns的npt后除了体积其他的如压力，密度之类的指标都平衡掉了，还有必要加长模拟时长嘛

Liota · 发表于 Post on 2024-5-13 10:33:31

ngaoo 发表于 2024-3-9 11:00
npt有进行模拟退火，你的意思是我再加长模拟时间，体积就不会变化了吗？
做完1ns的npt后除了体积其他的 ...

或者你最后在MD阶段采集后面的数据，前面的时间相当于继续平衡

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