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[蒙特卡罗] 想要研究有机分子晶体中金属原子确切的插入位置,想用蒙特卡洛模拟,该用什么软件?

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要研究有机分子晶体中金属原子确切的插入位置,想用蒙特卡洛模拟,该用什么软件?新手希望各位老师推荐个较为简便的软件。

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发表于 Post on 2022-3-3 22:41:03 | 只看该作者 Only view this author
这跟蒙特卡罗模拟不见得有什么直接关系
应当说明是什么金属,以什么机制插入分子晶体、预期插入到什么地方
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-5 10:35:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-3 22:41
这跟蒙特卡罗模拟不见得有什么直接关系
应当说明是什么金属,以什么机制插入分子晶体、预期插入到什么地方

老师你好,我想研究有机电极材料充放电过程的结构变化,向有机分子晶胞中插入锂离子,机制是插层机制,我现在没办法确定锂离子的具体位置,因此想用GCMC确定锂的具体位置。

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发表于 Post on 2022-3-5 21:25:45 | 只看该作者 Only view this author
liuzl 发表于 2022-3-5 10:35
老师你好,我想研究有机电极材料充放电过程的结构变化,向有机分子晶胞中插入锂离子,机制是插层机制,我 ...

现成的能干这个的程序我不知道。但原理上,可以先找出分子晶体的孔洞,看下文,手动把锂离子放到一些可能的位置,然后跑动力学,看看锂离子自发会跑到什么地方
使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-7 15:22:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-5 21:25
现成的能干这个的程序我不知道。但原理上,可以先找出分子晶体的孔洞,看下文,手动把锂离子放到一些可能 ...

好的,谢谢老师指导。

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发表于 Post on 2023-5-9 06:06:44 | 只看该作者 Only view this author
社长的建议很有道理. 另外, 手动放置Li到一些位置,这一步可以自己写程序脚本实现自动化. 例如, 通过对空间位置按一定的概率分布采样(以1维x轴举例, 可以选坐标范围例如-1.0到+1.0, 通过程序生成-1.0到1.0的随机数,得到结果比如0.73,就生成了一个随机位置在0.73的点), 将Li放置在三维空间中的一个位置范围内, 生成大量的位置点,然后分别去做动力学,看Li倾向于待在什么地方.

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