求助：成键是否异常在VMD中如何判断

WuQs

1.如果单晶结构是由一个小分子，一些金属离子和水组成的，是不是应该抠掉单晶结构的结晶水和金属离子，处理得到拓扑文件后，通过solvate和genion添加水和金属离子。
2.VMD成键是根据距离判断的，但是用dynamicsbonds还是这种显示，使用[atomselect top all] getbonds时，文本里也显示index 20 和index 0 2相连；所以这个地方，在模拟进行的时候就是成键的吗？

3.还有就是，虽然这里成键是这样，但是模拟过程还是正常结束了，数值暂时也没发现有异常，这样的结果能用吗？


4.还有个问题就是如果用getbonds那个命令得到的只是当前显示的连接关系，那我如何判断模拟过程中的键是否正常呢。
5.想尝试使用opls力场，LigParGen（http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/），想用这个网页生成来着，但是没有我想要的电荷，这个电荷貌似只能选择，不能自己设置；所以是只能使用别的方式生成opls的吗，但是 TPPmktop，额外的力场文件下不到，那这个能用吗；是不是只能用MKTOP

tsgyls

VMD里的标准和gromacs不一样，gromacs是根据itp文件中的成键信息判断是否成键

WuQs

tsgyls 发表于 2023-5-9 10:55
VMD里的标准和gromacs不一样，gromacs是根据itp文件中的成键信息判断是否成键

我知道的，可是我建完盒子，跑完md之后，用VMD检查结构的时候，发现上述的问题；我的大概意思就是如果VMD看到的是这样的，而且模拟过程很顺利，暂时未发现数据异常，我是否可以忽略VMD的异常成键，认为整个过程是完全合理的呢

lyj714

为啥你觉得你的模拟没有问题…。这个橘红色的四面体结构在vmd中都成这样的结构了，严重变形了。凭直觉就感觉这一部分有问题

WuQs

lyj714 发表于 2023-5-9 17:16
为啥你觉得你的模拟没有问题…。这个橘红色的四面体结构在vmd中都成这样的结构了，严重变形了。凭直觉就感 ...

因为我觉得就算那个地方，抛去键，只看键长、键角，说是不成键也是没问题的，我觉得有一定的扭转也可以理解。如果您觉得我认为的有问题，麻烦详细讲述，我是个新手，可能看不懂一些显而易见的问题。

sobereva

1 如果要模拟溶液体系，是

2 保证拓扑文件里的力场项正确就完了
VMD怎么判断的看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

3 磺酸基/磷酸基的氢的部分结构异常扭曲怎么解决，http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说了

4 肉眼看轨迹凭常识便知

5 用sobtop产生GAFF力场的拓扑文件结合RESP2(0.5)原子电荷是最优选择
Sobtop主页
http://sobereva.com/soft/Sobtop
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）