大家都是怎么学习Amber的？

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-2 17:06:55

想咨询一下大家都是怎么学习Amber的，有没有比较好的资料和培训班可以推荐呀？最近跟着官方的教程自学，发现内容不太连贯，对应的不是最新版本，对小白也不太友好。

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-2 19:45:51

参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班是最好的上手动力学的渠道
培训介绍：http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html
历届培训回顾和学员评论：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... r=typeid&typeid=248

gromacs和amber在模拟思想和方法、力场、建模、分析等方面很大程度上都是互通的，适用的体系也基本一致。在上述培训里把动力学的基础知识和gromacs以及vmd等程序的使用非常系统地学明白了，看着官方教程上手amber基本不会有什么压力。另外，如果之前对于动力学从没接触过的话，建议从gromacs而非amber开始上手。gromacs非常灵活，可扩展性强，该有的功能都有，使用复杂度低，速度快，用户数目也远远多于amber（见http://sobereva.com/599里的投票统计）因此有问题也更容易得到解答。

chenbq18 · 发表于 Post on 2022-1-3 08:23:10

gromacs amber两者都学过，感觉还是gromacs上手快点，用的人多各种问题很容易找到答案

八月的雨季 · 发表于 Post on 2022-1-3 15:54:07

Amber的高级功能多一点，GPU的利用率高

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-1-3 16:38:57

Amber的官方教程那么多都不看的么

rpestana94 · 发表于 Post on 2022-1-4 05:04:48

Amber's tutorial are not so good and some are out of date but are the resource we have, you can keep trying and posting question here or in the amber forum. Also check the amber manual, a lot of problem I used to have found the solution in the manual.

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-4 10:31:37

sobereva 发表于 2022-1-2 19:45
参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班是最好的上手动力学的渠道
培训介绍：http://www.keinsci.com/work ...

好的，谢谢老师

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-4 10:35:19

chenbq18 发表于 2022-1-3 08:23
gromacs amber两者都学过，感觉还是gromacs上手快点，用的人多各种问题很容易找到答案

gromacs没有接触过，刚开始学分子动力学，直接学的Amber，目前刚开始，确实能感觉的各种问题很难找到答案，我准备先买一下科音往届的“分子动力学与GROMACS”资料学习一下，希望可以尽快入门吧。

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-4 10:37:21

喵星大佬发表于 2022-1-3 16:38
Amber的官方教程那么多都不看的么

除了Tutirials和Manuals，还有哪些教程？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-1-4 10:42:01

Zijian 发表于 2022-1-4 10:37
除了Tutirials和Manuals，还有哪些教程？

还不够嘛？大部分功能都写了，但如果一点都不懂原理哪个软件都学不会的

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-4 12:34:01

rpestana94 发表于 2022-1-4 05:04
Amber's tutorial are not so good and some are out of date but are the resource we have, you can keep ...

Yes, I'm learning the tutorials now, and find there are some command not suitable for Amber21. I didn't figure out those problems until I compared the old and new Amber tutorials. It's not friendly to fledglings.
I will keep trying and posting question here, and could you tell me what is "the amber forum" you mentioned?

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-4 12:35:04

八月的雨季发表于 2022-1-3 15:54
Amber的高级功能多一点，GPU的利用率高

拿小本本先记下来

rpestana94 · 发表于 Post on 2022-1-5 01:32:49

Zijian 发表于 2022-1-3 23:34
Yes, I'm learning the tutorials now, and find there are some command not suitable for Amber21. I d ...

As far I know, amber is more like email based (we can say like that), so check out the contact page in amber, there is a mail where you can ask questions https://ambermd.org/Contact.php

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-5 13:25:11

rpestana94 发表于 2022-1-5 01:32
As far I know, amber is more like email based (we can say like that), so check out the contact pag ...

Ok, thank you.

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-4-11 00:18:15

chenbq18 发表于 2022-1-3 08:23
gromacs amber两者都学过，感觉还是gromacs上手快点，用的人多各种问题很容易找到答案

如果对linux系统完全不懂，怎们办，是要先学一些linux的操作，还是看amber官网教程直接上手？

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