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[CASTEP/Dmol3/MS] 求助,Dmol3计算过渡态,为什么TS.out文件产物能量与单独产物能量不一致

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本帖最后由 studyday 于 2023-5-20 16:33 编辑

各位老师好,我采用Dmol3计算过渡态。在水溶液中,没食子酸(酚酸)还原三价铁的过程,大致反应过程如图。分别对反应物,产物进行结构优化,之后 reaction preview ,然后 TS search 。泛函采用GGA- PBE,参数设置除 Task 和 Charge 外,均保持一致。
TS search.outmol 文件中Energy of product =-2214.8138527 Ha,与单独对产物结构优化计算的能量 Ef= -2214.282315 Ha 不一致(反应物也不一致)。
想请问老师们,这种情况是合理的吗?在计算反应活化能的时候应该用哪一个呢?
实验结果表明,在 1 min 内,水溶液中 0.05mM 三价铁 几乎完全被 0.05 mM 没食子酸还原为二价铁。而TS search.outmol 中 Energy of barrier = 23.240 kcal/mol > 21 kcal/mol (A general rule of thumb suggested reactions with a barrier of 21 kcal/mol or less will proceed readily at room temperature (Young, 2001)--https://doi.org/10.1016/j.watres.2021.117548 ),貌似在室温下的自发型并不是很好,请问各位老师,这是因为计算过程中哪里设置不对导致的吗?
另外,我看到好多文献中反应的过渡态物质很多,这是多次计算的结果(A→B→C→D,先算一次,然后用C再去计算一次)吗?(最后一图)






outmol.zip

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