请问DNA轨迹处理问题（DNA在盒子外）

Wxy1998 · 发表于 Post on 2023-5-29 11:37:18

请问在做md时加上了DNA限制的语句comm-grps = DNA comm-mode = angular，同时在跑完后对轨迹用如下命令进行了轨迹处理gmx trjconv -f md_whole.xtc -s md.tpr -o cen.xtc -center -pbc cluster；gmx trjconv -f cen.xtc -s md.tpr -fit rot+trans -o fit.xtc，但是图中DNA仍在盒子外，请问如何解决

dzdhp · 发表于 Post on 2023-5-29 15:36:11

你既然以及设置了消除平动和转动，还用fit+tran干嘛呢，他们的效果是一样的。你试试只用-pbc mol,不要其他的center、cluster

Wxy1998 · 发表于 Post on 2023-5-29 16:02:55

dzdhp 发表于 2023-5-29 15:36
你既然以及设置了消除平动和转动，还用fit+tran干嘛呢，他们的效果是一样的。你试试只用-pbc mol,不要其他 ...

您好，我刚试了下您说的方法，选项为-pbc mol，现在显示为DNA双链分散开，分别位于盒子边缘，请问怎么办

dzdhp · 发表于 Post on 2023-5-29 16:10:11

Wxy1998 发表于 2023-5-29 16:02
您好，我刚试了下您说的方法，选项为-pbc mol，现在显示为DNA双链分散开，分别位于盒子边缘，请问怎么办

可以把模拟的文件压缩打包上传吗，我之前也老出现这种问题，但是消除了平动转动之后就没有过了，看看你是不是没设好。

Wxy1998 · 发表于 Post on 2023-5-29 16:29:38

dzdhp 发表于 2023-5-29 16:10
可以把模拟的文件压缩打包上传吗，我之前也老出现这种问题，但是消除了平动转动之后就没有过了，看看你是 ...

你好，我刚重新设置一下，现在显示正常了

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