求助ITO表面上单分子层自组装过程的模拟计算的课程大作业的问题

harmoon

我是本科生，我想在课程大作业上完成一个（数个）有机分子在ITO表面的自组装过程的模拟。根据我目前在互联网上收集到的信息，大概的思路如下：
1、从晶体数据库中找到ITO的晶体数据
2、用MS建立晶体的界面
3、用Gaussian对分子的结构进行优化（计算能量最低的构象）
4、用Gromacs完成分子动力学模拟
我目前有一些疑惑，大致如下：
1、怎么选择力场文件
2、我选择的工具是否合适
恳请论坛各位大佬答疑解惑，批评指正。

18217265596

在你会问出这些问题的情况下 说明你的水平不足以支撑你做你的大作业
那这个大作业的工作量和难度是否合适？
啥课程啊

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “自组装单分子层自组装过程的模拟计算” 改了，以后务必注意！

用Gaussian做优化完全不是必须的，做不做，动力学跑起来都一样。

不要上来就用不常见的缩写，诸如ITO

只能先告诉你，分子用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF的拓扑文件，大概率sobtop也能产生ITO（虽然我不知道是什么）的拓扑文件。之后自己把两部分的itp文件恰当引入合适的top文件里

作为本科大作业来说，这个作业要求在我来看完全不得当（假设就是让学生用主流、高效、灵活但有门槛的gromacs做，而不是允许用很慢、非主流、很不灵活但很傻瓜化的M$做）。如果老师没有限制用什么程序，我倒建议你姑且用M$随便跑跑交差。因为如果你没有专门系统学过用GROMACS（例如北京科音分子动力学与GROMACS培训班http://www.keinsci.com/KGMX有完整系统讲解），光是靠在这里提问的话，很可能最终也做不成，因为正确合理使用GROMACS要掌握的东西实在是相当多。

harmoon

sobereva 发表于 2025-4-26 19:10
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

感谢解答，我会重新考虑一下选题的合理性……

harmoon

18217265596 发表于 2025-4-26 19:00
在你会问出这些问题的情况下 说明你的水平不足以支撑你做你的大作业
那这个大作业的工作量和难度是否合适 ...

计算化学导论。不支持也得尝试探索一下……虽然从拿分的角度来看太不合适了。