求助 gromacs计算自由能时在能量最小化的过程遇到的报错问题

joke122 · 发表于 Post on 2023-5-28 20:05:26

各位老师好，我在使用GMX计算自由能时在能量最小化的过程时出现以下错误，请问这是什么原因并如何修改。

Huschein · 发表于 Post on 2023-5-29 10:05:33

你这是什么究极排斥体系？受力这么大，一看就是初始结构非常不合理，你想办法调整一下

joke122 · 发表于 Post on 2023-5-29 16:36:12

Huschein 发表于 2023-5-29 10:05
你这是什么究极排斥体系？受力这么大，一看就是初始结构非常不合理，你想办法调整一下

谢谢，我去修改结构

joke122 · 发表于 Post on 2023-6-1 10:48:31

Huschein 发表于 2023-5-29 10:05
你这是什么究极排斥体系？受力这么大，一看就是初始结构非常不合理，你想办法调整一下

我的结构使用packmol建立，然后使用能量最小化的共轭梯度算法和退火进行了优化，但是结构还是不合理，这该怎么办

Huschein · 发表于 Post on 2023-6-1 15:00:55

joke122 发表于 2023-6-1 10:48
我的结构使用packmol建立，然后使用能量最小化的共轭梯度算法和退火进行了优化，但是结构还是不合理，这 ...

那你在packmol建模的时候手动指定添加多少原子大概率就是添加太多了

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[GROMACS] 求助 gromacs计算自由能时在能量最小化的过程遇到的报错问题