计算化学教学级别的设备购置疑问

tomwong4253 · 发表于 Post on 2023-5-9 01:14:24

本人最近准备开个选修课，带着感兴趣做计算的本科生XJB算两下。以简单的Gaussian和xtb等等为主。如果有那么一两个人能算出一两个有点用的数据更好。学校慷慨解囊送了一点预算，最近正在考虑新购置一批设备，不过显然慷慨有限，预算只有不超过5W，其中还要移出大约1.5W用于已有集群新增显卡，购置UPS，改装电路等等花费。剩余约3.5W具体需求主要是：

1）集群操作，用slurm做作业系统，控制存储节点包括硬盘都不用重新买，以前的旧服务器可以用。
2）有大概25~30个学生，借助学校机房远程提交作业，作业内容不会太庞大，也就是简单的生化分子的结构优化、频率、过渡态、反应途径等等。希望排队总时间能短一些。
3）除了选修课教学外，本人自己和带的研究生也会做一些复杂一点的生化分子的反应机理研究，以及给已有的MD程序从头做一些小分子参数等等需求。因此这个配置也不希望过差。

目前的问题主要是：

V3 V4系列的CPU我看诸位大佬在论坛已经不怎么讨论了，应该是它们的绝对性能或者性价比已经被8375等CPU甩开了，但是面对这种短时间大量的计算需求，以及有限的预算，是通过捡垃圾“堆数量”的总体配置方案更佳（即买它4~5台双路V4）还是一下“质量”更佳（买2~3台双路8375或类似的配置），或者干脆都用消费级平台（7950X+双32G DDR5）也可以？

先感谢各位了！

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-9 01:56:31

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-5-9 02:17 编辑

1台双路7B13，内存配少点（16 * DDR4 3200MT/s 16GB），只加1块3.84TB PCIe4.0 NVMe U.2 SSD（如intel P5510），3.5万能拿下。

消费级平台可以买4台7950X + 2*DDR5 6000MT/s 32GB + 2TB PCIe4.0 NVMe M.2 SSD（￥8000/台），外加一套10G以太网（含交换机、网卡、SFP+多模光模块、OM3光纤跳线），性能总和比双路7B13高；且如果预留大瓦数电源，后期可加顶级GPU如RTX 5090。

abin · 发表于 Post on 2023-5-9 07:05:00

【Workstation via Web 自动安装-哔哩哔哩】 https://b23.tv/VU1fYrH
小朋友应该喜欢Web操作的。

abin · 发表于 Post on 2023-5-9 07:48:48

补充一下。
如果是教学演示，
要充分保证，所有学生的计算任务都可以跑。
如果限定最多两个核心，32个学生，
那么至少要有64个核心可用。

算的快不快无所谓，演示性质的，一定要让大家的测试性任务跑起来。

至于课后，感兴趣能继续做的，应该不多。
课后时段的可以采用其他调度限定，比如限制队列的默认处理器数目。

如果不涉及很多MPI并行程序，
消费平台的双通道也凑合用。

tomwong4253 · 发表于 Post on 2023-5-9 13:22:30

abin 发表于 2023-5-9 07:48
补充一下。
如果是教学演示，
要充分保证，所有学生的计算任务都可以跑。

感谢大佬的回复，确实我也在考虑这种限制核心数的教学方式。对于已经做烂的demo来说，通常4个核心估计足足够跑起来了。不过我还是考虑用消费级7950X这样，因为可以拿一点真实研究的小体系，设定几个过渡态啥的给不同学生去运行，权当顺便帮我跑体系了。这样可能多来几台机器会更划算些。顺便，感谢大佬提供的可视化web端的教程，我去学习一个。。。

tomwong4253 · 发表于 Post on 2023-5-9 13:24:10

Entropy.S.I 发表于 2023-5-9 01:56
1台双路7B13，内存配少点（16 * DDR4 3200MT/s 16GB），只加1块3.84TB PCIe4.0 NVMe U.2 SSD（如intel P551 ...

感谢大佬，问一下这种10G光模块有必要搞吗，以我自己的水平估计未来带小朋友玩的体系不大，没有跨节点并行的要求，最多也就是节点内并行，一般1G的交换机搭配主板自带的网卡应该可以用吧？

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-9 16:26:42

tomwong4253 发表于 2023-5-9 13:24
感谢大佬，问一下这种10G光模块有必要搞吗，以我自己的水平估计未来带小朋友玩的体系不大，没有跨节点并 ...

10GbE是为了快速的文件传输，跨节点并行用10GbE根本不够，而且桌面平台本来就不适合折腾RDMA。如今主板自带的网卡一般是2.5GbE，相应的交换机并不比二手10G SFP+交换机便宜太多，2.5GbE注定是一个妥协的速率，在节点全是NVMe SSD的情况下，10GbE显然更合适。至于1GbE，如今家庭宽带下行速度已经普及到1G了，部分地区都开始推广2G，局域网还用1G传输，不难受吗？

tomwong4253 · 发表于 Post on 2023-5-9 17:07:52

Entropy.S.I 发表于 2023-5-9 16:26
10GbE是为了快速的文件传输，跨节点并行用10GbE根本不够，而且桌面平台本来就不适合折腾RDMA。如今主板自 ...

收到，感谢大佬

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-9 17:54:36

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-5-9 17:57 编辑

刚刚看到微星的AM5主板出了针对海力士A-die的预设，不需要自己超频、调小参，直接载入预设，内存读写性能就能提升到和intel接近的水平微星GAMING的动态-哔哩哔哩 (bilibili.com)

doublezhang · 发表于 Post on 2023-5-11 17:29:34

现在1w大概能买4-5台双路2680 v4 的1u服务器

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-11 18:40:22

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-5-11 18:41 编辑

doublezhang 发表于 2023-5-11 17:29
现在1w大概能买4-5台双路2680 v4 的1u服务器

买这种玩意只剩下用核数骗骗外行的功能了，7950X和13900K的1个核就相当于这玩意的2.5~3个核，2台7950X就接近了你说的4台双路2680v4。

doublezhang · 发表于 Post on 2023-5-11 19:46:13

Entropy.S.I 发表于 2023-5-11 18:40
买这种玩意只剩下用核数骗骗外行的功能了，7950X和13900K的1个核就相当于这玩意的2.5~3个核，2台7950X就 ...

新平台贵呀，U贵，主板也贵。
现在X99准系统已经几百块了，E5 V4的cpu也到百元级了，正是最适合买入的时候。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-11 19:47:32

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-5-11 19:48 编辑

doublezhang 发表于 2023-5-11 19:46
新平台贵呀，U贵，主板也贵。
现在X99准系统已经几百块了，E5 V4的cpu也到百元级了，正是最适合买入的时 ...

现在自己装7950X整机7000多一台

反而是你们买一堆洋垃圾的，空间、维护成本和电费不用考虑？？

doublezhang · 发表于 Post on 2023-5-11 19:50:49

Entropy.S.I 发表于 2023-5-11 19:47
现在自己装7950X整机7000多一台

2680V4 双路，16GB x8 内存，500GB SSD 现在 1800 可以拿下，不过是机架式的，用浪潮SA5212M4之类的准系统。
真的蛮实惠的。

hitvip · 发表于 Post on 2023-5-12 11:10:27

本帖最后由 hitvip 于 2023-5-12 11:17 编辑

Entropy.S.I 发表于 2023-5-9 01:56
1台双路7B13，内存配少点（16 * DDR4 3200MT/s 16GB），只加1块3.84TB PCIe4.0 NVMe U.2 SSD（如intel P551 ...

老师，7B13现在基本全网断货中

卖家说 7C13 （主频 2.0）有货，8800元一颗

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[配置讨论] 计算化学教学级别的设备购置疑问

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