求助：关于autodock vina的相互作用图

crush · 发表于 Post on 2021-12-3 19:53:50

请问用vina做完对接之后，如何显示2D的相互作用图呢？

NicoleDH · 发表于 Post on 2021-12-3 19:59:21

很多软件都能啊，收费的MOE、薛定谔，免费的像LigPLot

crush · 发表于 Post on 2021-12-3 21:07:23

NicoleDH 发表于 2021-12-3 19:59
很多软件都能啊，收费的MOE、薛定谔，免费的像LigPLot

我可能没说明白，我的意思是我想用vina做2D相互作用图该怎么办呢

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-12-3 22:00:03

crush 发表于 2021-12-3 08:07
我可能没说明白，我的意思是我想用vina做2D相互作用图该怎么办呢

The software are quite intuitive, just upload the protein and the ligand they do all the work

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-4 01:57:09

crush 发表于 2021-12-3 21:07
我可能没说明白，我的意思是我想用vina做2D相互作用图该怎么办呢

给个具体例子，别让别人猜你想要的是什么，来来回回猜不中浪费自己和别人的时间

crush · 发表于 Post on 2021-12-26 19:00:49

sobereva 发表于 2021-12-4 01:57
给个具体例子，别让别人猜你想要的是什么，来来回回猜不中浪费自己和别人的时间

好的好的老师，我下回一定注意

DSMelody · 发表于 Post on 2023-6-13 21:08:44

本帖最后由 DSMelody 于 2023-6-13 21:10 编辑

vina只是用来对接的，输出一个pdbqt格式的对接结果，2D作用力查看有很多方法，比如薛定谔或者MOE都是可以的，有类似ligand>ligand interaction的做法；或者用ligplus（需要先安装Java），这个不能显示Π-Π共轭；再或者就是proteins.plus也是可以的

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[分子对接] 求助：关于autodock vina的相互作用图

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