请问速度自相关 velacc 求扩散 如何分析以及帮忙判断是否正确

一条君

用gmx velacc以及analyze求的扩散系数与均方位移求得的有较大差别，请问gmx velacc 如何分析以及帮忙判断是否正确。谢谢~           
———— msd       velacc（积分除以3）
样1         0.5         0.16
样2         0.1         0.16   
（1）可以看出，有差别的体系速度自相关积分值都是0.5，进而求的扩散都是0.16，不知道哪里出问题了。
（2）是否是从Integral 1后面读取积分值; average，Gaussian distribition列是什么含义

Read 1 sets of 5001 points, dt = 1
Calculating the integral using the trapezium rule
Integral 1     0.50000  +/-    0.00000
                                                   std. dev.           relative deviation of
                           standard       ---------            cumulants from those of
set      average       deviation      sqrt(n-1)           a Gaussian distribition
                                                                                      cum. 3   cum. 4
SS1   1.999680e-04   1.413953e-02   1.999631e-04      44.300   1665.230

下面是一些细节：
1.nvt设置：步长1fs，nstxout = 0；nstvout = 1000 （也设置过nstxout = 1000，结果好像没区别）      
2.得到的vac.xvg文件以及作的图
再次感谢

一条君

@sobereva @wzkchem5 不知道老师是否了解，谢谢了

qiyan

一条君 发表于 2022-4-27 22:24
@sobereva @wzkchem5 不知道老师是否了解，谢谢了

您好，请问gmx velacc计算的到VACF怎么样处理得到扩散系数啊，对哪一段进行积分呢，为什么和msd的到的扩散系数差别很大呢。