求助：使用gmx insert-molecules命令的pdb文件如何生成

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-7-15 10:20:30

本人小白，因为想在纯水溶液中插入离子产生溶液。但用genion这个命令可插入的离子太少，所以想问问大家用insert-molecules这个命令的小分子pdb文件怎么获取的。比如说NaCl的pdb文件。
令：听说可以用gromacs构造NaCl的gro文件，有大佬知道怎么去构建吗

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-7-15 13:18:43

比如你要加入钠离子，随便找个任意分子的pdb文件，从里面截取出一行，把原子名改成Na，保存成Na.pdb就可以了。Cl离子同样。

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-7-15 16:05:36

Lacrimosa 发表于 2023-7-15 13:18
比如你要加入钠离子，随便找个任意分子的pdb文件，从里面截取出一行，把原子名改成Na，保存成Na.pdb就可以 ...

您好，我看pdb文件开头都有些注释内容，并且原子后面会跟很多信息
ATOM    1  N CYS A 4    -4.232 -17.209 -14.076  1.00  1.39          N
ATOM    2  CA  CYS A 4    -4.104 -17.623 -12.650  1.00  1.09          C
ATOM    3  C CYS A 4    -4.102 -19.151 -12.561  1.00  0.92          C
ATOM    4  O CYS A 4    -4.060 -19.841 -13.560  1.00  1.24          O
ATOM    5  CB  CYS A 4    -5.283 -17.066 -11.849  1.00  1.18          C
ATOM    6  SG  CYS A 4    -6.804 -17.916 -12.339  1.00  1.51          S
ATOM    7  H CYS A 4    -4.946 -17.800 -14.546  1.00  1.37          H
ATOM    8  HA  CYS A 4    -3.180 -17.239 -12.245  1.00  1.17          H
ATOM    9  HB2 CYS A 4    -5.107 -17.221 -10.795  1.00  1.26          H
这是我随便截取的一段，像这种数字应该怎么修改呢

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-7-15 17:10:39

本帖最后由 Lacrimosa 于 2023-7-15 17:11 编辑

wanzongliang 发表于 2023-7-15 16:05
您好，我看pdb文件开头都有些注释内容，并且原子后面会跟很多信息
ATOM 1 N CYS A 4 -4. ...

比如把这一行保存成Na.pdb就可以
ATOM 1 Na CYS A 4 -4.232 -17.209 -14.076 1.00 1.39 N

#----
实际上就算不对上面那一行做任何修改也是可以直接用的，例如：Cl.pdb可以写成
ATOM 1 N CYS A 4 -4.232 -17.209 -14.076 1.00 1.39 N

具体的原因需要你自己去了解一下gromacs里面输入文件的含义以及一些命令究竟是在做什么操作。

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-15 19:07:50

可插入太少问题该怎么解决怎么解决，不要以为解决不了

gview窗口里点个Na上去，保存成pdb就完了，Cl同理

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-7-16 12:04:19

sobereva 发表于 2023-7-15 19:07
可插入太少问题该怎么解决怎么解决，不要以为解决不了

我明白了，非常感谢sob老师

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-7-16 12:04:55

Lacrimosa 发表于 2023-7-15 17:10
比如把这一行保存成Na.pdb就可以
ATOM 1 Na CYS A 4 -4.232 -17.209 -14.076 1.00 1.3 ...

感谢大佬我去了解一下

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-7-16 20:47:40

Lacrimosa 发表于 2023-7-15 17:10
比如把这一行保存成Na.pdb就可以
ATOM 1 Na CYS A 4 -4.232 -17.209 -14.076 1.00 1.3 ...

大佬您好，我用您所说的方法进行了尝试，插入过程中没有出现问题，但在后续转化为gro文件的过程中出现了报错
Fatal error:
Residue '35.8' not found in residue topology database
请问您知道是什么问题吗

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