求助：在添加抗衡离子来平衡电中性，只生成了新的top文件，没有生成gro文件

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-7-6 09:10:52

本帖最后由打豆豆的灰鸭于 2023-7-6 15:59 编辑

在添加抗衡离子来平衡电中性，只生成了新的top文件，没有生成gro文件，也没有看到报错，用CL替代102个水分子.

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-6 09:45:23

你-o写的是pdb文件，当然没gro文件了

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-7-6 09:55:29

sobereva 发表于 2023-7-6 09:45
你-o写的是pdb文件，当然没gro文件了

不好意思老师，说错了，就是运行过后没生成新的结构文件

dzdhp · 发表于 Post on 2023-7-6 15:09:32

打豆豆的灰鸭发表于 2023-7-6 09:55
不好意思老师，说错了，就是运行过后没生成新的结构文件

sob老师已经说得很明白了，你命令的意思都没整明白，-o后面接的就是输出文件，通常都是接gro格式的，你在输入文件哪里写个pdb格式的，哪里会有新的gro文件生成，且不管是pdb还是gro，都是结构文件，只是记录的格式信息不同

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-7-6 15:58:00

本帖最后由打豆豆的灰鸭于 2023-7-6 16:03 编辑

dzdhp 发表于 2023-7-6 15:09
sob老师已经说得很明白了，你命令的意思都没整明白，-o后面接的就是输出文件，通常都是接gro格式的，你在 ...

不是，我知道gro和pdb都是结构文件，现在运行添加抗衡离子的命令，想要产生新的结构文件来继续下一步，可是现在并没有产生新的结构文件。我是试了gro和pdb两种形式，结果都不行，所以想问一下别的原因。

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-7-14 16:54:15

打豆豆的灰鸭发表于 2023-7-6 15:58
不是，我知道gro和pdb都是结构文件，现在运行添加抗衡离子的命令，想要产生新的结构文件来继续下一步，可 ...

你是没有生成top文件吗，还是新gro文件覆盖了原来的文件

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-7-15 08:36:14

wanzongliang 发表于 2023-7-14 16:54
你是没有生成top文件吗，还是新gro文件覆盖了原来的文件

是没有产生新的结构文件

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-7-15 10:12:31

打豆豆的灰鸭发表于 2023-7-15 08:36
是没有产生新的结构文件

这是啥意思...我不是很懂，gro，pdb，top这些不都是结构文件吗

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-7-15 10:23:53

wanzongliang 发表于 2023-7-15 10:12
这是啥意思...我不是很懂，gro，pdb，top这些不都是结构文件吗

问题解决了，因为当时没找到电荷在哪里多出来，现在找到了，就不用中和了，谢谢啦

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