计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13027|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 不同溶剂下计算UV-VIS光谱

[复制链接 Copy URL]

22

帖子

0

威望

738

eV
积分
760

Level 4 (黑子)

本帖最后由 beidiwu 于 2017-4-20 23:30 编辑

请各位老师解惑!本人新手一枚,计算某结构UV-VIS步骤如下:
1. 优化结构
关键词# opt b3lyp/6-31+g(d,p)

2. 计算激发态
水溶剂# td=(nstates=50) CAM-B3LYP/6-311G(d) scrf=(pcm,solvent=water)
得到uv-vis与实验两个个峰的峰型一致,但位置有10nm左右的偏差,发现实验用的溶剂应为50%water,50%acetonitrile
于是计算乙腈条件下光谱,看峰如何移动,如下:
乙腈溶剂# td=(nstates=50) cam-b3lyp/6-311g(d) scrf=(solvent=acetonitrile,pcm)
但两种溶剂得到的UV-VIS位置基本一致,偏差不超过1nm,请问哪里出了问题?我不太确定关键词是否正确,请指正!不胜感激!

uv-vis.png (16.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

uv-vis图

uv-vis图

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112492

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2017-4-21 04:48:37 | 只看该作者 Only view this author
相差只有10nm已经算很不错了
关键词没有问题。不过为了和实验对比,还是最好用混合溶剂,怎么自定义这里写了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

UV-Vis受溶剂的介电常数的数值的影响和体系有关
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

22

帖子

0

威望

738

eV
积分
760

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-21 07:00:22 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢卢老师的回答,这样我心里就有底了。
ps: 我的博士课题偏实验,关于计算化学的知识都来自在这个论坛,qq群,还有卢老师的培训班。
这些知识虽然学的不深,但对我的论文课题帮助很大,再次向卢老师表示敬意和感谢!

903

帖子

37

威望

5324

eV
积分
6967

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2017-4-21 16:32:41 | 只看该作者 Only view this author
用state-specific 算算 一般会增大eps差异。具体做法参考sob的那篇博文

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

1102

帖子

18

威望

6643

eV
积分
8105

Level 6 (一方通行)

計算化学の社畜

5#
发表于 Post on 2017-4-21 16:55:06 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2017-4-21 16:32
用state-specific 算算 一般会增大eps差异。具体做法参考sob的那篇博文

用SS算虽然比LR更准但很耗时间,而且一次只能对一个激发态来做,如果要绘制完整的光谱,我看很费时。如果要精确研究某个激发态,用SS不错。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

Stand on the shoulders of giants

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112492

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2017-4-22 08:16:01 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-4-21 16:55
用SS算虽然比LR更准但很耗时间,而且一次只能对一个激发态来做,如果要绘制完整的光谱,我看很费时。如果 ...


以后可尝试写个脚本,自动对每个振子强度大于指定阈值的态做cLR(比SS便宜太多,而且结果不比它差多少),然后把结果提出来,并与其余次要态的LR结果合并,汇总成Multiwfn可以读的文本文件格式,再展宽成UV-Vis。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5

帖子

0

威望

409

eV
积分
414

Level 3 能力者

7#
发表于 Post on 2017-4-27 16:09:17 | 只看该作者 Only view this author
优化结构时不用在溶剂条件下进行优化么?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112492

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2017-4-30 20:13:52 | 只看该作者 Only view this author
liy 发表于 2017-4-27 16:09
优化结构时不用在溶剂条件下进行优化么?

对于中性体系溶剂对结构的影响通常不大,如果你要结果绝对可靠,优化时也带着溶剂模型,耗时会增加几分之一
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

147

帖子

2

威望

1233

eV
积分
1420

Level 4 (黑子)

计算化学公社外门弟子

9#
发表于 Post on 2023-8-3 17:59:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-21 04:48
相差只有10nm已经算很不错了
关键词没有问题。不过为了和实验对比,还是最好用混合溶剂,怎么自定义这里写 ...

卢老师,学生最近在不同的溶剂下计算香豆素的 UV-VIS 光谱时遇到一个问题。如图所示,三种溶剂下计算到的 UV-VIS 光谱几乎都重叠在一起了,没有很明显的差距。学生该如何解决这一问题呢。学生的计算流程以及计算的关键词分别为:
1、先在 IEFPCM 溶剂模型下优化和振动分析,拿到无虚频的极小值结构。 # opt freq PBE1PBE/TZVP scrf(solvent= solv_name)solv_name 分别为 CH2Cl2、DMSO、Water

2、然后在 IEFPCM 溶剂模型下做激发态计算 # td(nstates=50) PBE1PBE/TZVP scrf(solvent= solv_name),solv_name 分别为 CH2Cl2、DMSO、Water






KimariYB, Postgraduate, XiaMen University
School of Electronic Science and Engineering (National Model Microelectronics College)
Research interests: theoretical and computational chemistry and machine learning

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112492

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2023-8-3 18:11:03 | 只看该作者 Only view this author
kimariyb 发表于 2023-8-3 17:59
卢老师,学生最近在不同的溶剂下计算香豆素的 UV-VIS 光谱时遇到一个问题。如图所示,三种溶剂下计算到的 ...

说明此体系对溶剂就是不很敏感
对于特定激发态,如290nm左右的,若用cLR或特定态模型,可以得到更准确的描述
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

147

帖子

2

威望

1233

eV
积分
1420

Level 4 (黑子)

计算化学公社外门弟子

11#
发表于 Post on 2023-8-3 18:24:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-3 18:11
说明此体系对溶剂就是不很敏感
对于特定激发态,如290nm左右的,若用cLR或特定态模型,可以得到更准确的 ...

好的,感谢卢老师的回答
KimariYB, Postgraduate, XiaMen University
School of Electronic Science and Engineering (National Model Microelectronics College)
Research interests: theoretical and computational chemistry and machine learning

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 23:22 , Processed in 0.274260 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list