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[GROMACS] gromacs 如何查看体系的密度

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请问如何查看体系的密度?我用了gmx energy 命令好像没有看到可以查看密度的选项

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发表于 Post on 2020-11-8 17:16:59 | 只看该作者 Only view this author
你用的是NVT系综吧,这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综,才能用gmx energy得到密度。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-8 17:50:40 | 只看该作者 Only view this author
xiaowu759 发表于 2020-11-8 17:16
你用的是NVT系综吧,这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综,才能用gmx energy得到密度。

原来如此。谢谢你!

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发表于 Post on 2020-11-9 08:08:59 | 只看该作者 Only view this author
xiaowu759 发表于 2020-11-8 17:16
你用的是NVT系综吧,这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综,才能用gmx energy得到密度。

我也想请教一下,我想计算体系的粘度,但是gmx energy也是找不到选项,也是要在NPT系综下计算吗?
钱塘江上潮信来,今日方知我是我。

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发表于 Post on 2020-11-10 01:54:38 | 只看该作者 Only view this author
晓滨MD 发表于 2020-11-9 08:08
我也想请教一下,我想计算体系的粘度,但是gmx energy也是找不到选项,也是要在NPT系综下计算吗?

说清楚用什么方法算的
周期扰动法在直接在edr文件里有相关信息。和用什么系综完全无关
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发表于 Post on 2023-8-4 11:33:10 | 只看该作者 Only view this author
xiaowu759 发表于 2020-11-8 17:16
你用的是NVT系综吧,这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综,才能用gmx energy得到密度。

请问你的V是什么算的?用ssasa吗?

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发表于 Post on 2023-8-4 11:33:45 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2020-11-8 17:50
原来如此。谢谢你!

请问你的V是什么算的?用sasa吗?

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