求助同时计算对称破缺态即指定片段电荷和多重度以及基组重叠误差？

liurui

想请问这种情况各位老师遇到过吗？一直报错，改成guess=mix和counterpoise=3还是报错，谢谢各位老师！！！

sobereva

别瞎搅合在一起
counterpoise任务和产生片段初猜的任务试图一起做毫无意义

liurui

sobereva 发表于 2023-8-18 15:19
别瞎搅合在一起
counterpoise任务和产生片段初猜的任务试图一起做毫无意义

收到，谢谢老师

liurui

sobereva 发表于 2023-8-18 15:19
别瞎搅合在一起
counterpoise任务和产生片段初猜的任务试图一起做毫无意义

但是老师，审稿人说Some of the energy differences computed in this study are small. Is there any reason to worry about basis set superposition error？对称破却态考虑BSSE，老师，我需要反驳一下这位审稿人吗，谢谢老师

wzkchem5

liurui 发表于 2023-8-18 09:15
但是老师，审稿人说Some of the energy differences computed in this study are small. Is there any re ...

先用一个不做counterpoise的任务产生初猜，再用另一个做counterpoise的任务读取这个波函数做counterpoise

sobereva

liurui 发表于 2023-8-18 16:15
但是老师，审稿人说Some of the energy differences computed in this study are small. Is there any re ...

我不知道你算的是什么，以及原本文章怎么写的，没法说
如果不涉及弱相互作用，就不需要考虑BSSE问题。就算算弱相互作用，用个足够大的基组，BSSE问题也可以忽略。BSSE跟研究是否涉及对称破缺没直接关系。

liurui

wzkchem5 发表于 2023-8-18 17:03
先用一个不做counterpoise的任务产生初猜，再用另一个做counterpoise的任务读取这个波函数做counterpoise

收到，谢谢老师！

liurui

sobereva 发表于 2023-8-18 18:12
我不知道你算的是什么，以及原本文章怎么写的，没法说
如果不涉及弱相互作用，就不需要考虑BSSE问题。就 ...

收到，谢谢老师！

zjxitcc

可以算，用frag_guess_wfn小程序调用Gaussian即可搞定（不依赖其他程序）。frag_guess_wfn原本是设计用来产生GKS-EDA输入文件和轨道、加速GKS-EDA计算的，但恰好可以用于你这个问题。由于你没提供你的体系坐标，我这里以乙烷+O2复合物为例，片段分别是甲基、甲基和单重态O2，片段电荷和自旋与你体系一样。首先也是写一个gjf文件

1. %mem=48GB
   
2. %nprocshared=28
   
3. #p UB3LYP/def2TZVP guess(fragment=3) em=GD3BJ
   
4. 
   
5. {gks}
   
6. 
   
7. 0 1 0 2 0 -2 0 1
   
8. C(Fragment=1)     -3.42837266    0.18776078    0.00000000
   
9. H(Fragment=1)     -3.07171823   -0.82104923    0.00000000
   
10. H(Fragment=1)     -3.07169982    0.69215897   -0.87365150
    
11. H(Fragment=1)     -4.49837266    0.18777396    0.00000000
    
12. C(Fragment=2)     -2.91503044    0.91371705    1.25740497
    
13. H(Fragment=2)     -1.84503225    0.91200998    1.25838332
    
14. H(Fragment=2)     -3.27008700    1.92309006    1.25642758
    
15. H(Fragment=2)     -3.27329940    0.41044905    2.13105517
    
16. O(Fragment=3)     -1.84362341    2.40280619   -1.71880138
    
17. O(Fragment=3)     -1.37777765    3.46082196   -1.83240116
    
18. 
    

复制代码

这里不仅单重态O2要对称破缺，被强行切断的乙烷也要对称破缺，两个片段自旋相反。运行

1. frag_guess_wfn ethane_O2.gjf >ethane_O2.out 2>&1

复制代码

注意不要写mix, only, counterpoise等关键词，这对frag_guess_wfn没用，这个小程序已经自动考虑了该考虑的因素。用28核耗时2.5 min，期间是自动调用Gaussian做计算的。frag_guess_wfn还会让高斯检查每个片段的波函数稳定性、整体的波函数稳定性，确保计算更为严谨。打开输出文件ethane_O2.out可以看到每个片段的能量、不考虑BSSE的结合能、考虑BSSE的结合能等信息

1. i=  1, frags(i)%e =      -39.847986264, frags(i)%ssquare=   0.75
   
2. i=  2, frags(i)%e =      -39.847986284, frags(i)%ssquare=   0.75
   
3. i=  3, frags(i)%e =     -150.371200852, frags(i)%ssquare=   1.00
   
4. i=  4, frags(i)%e =      -39.848239284, frags(i)%ssquare=   0.75
   
5. i=  5, frags(i)%e =      -39.848245809, frags(i)%ssquare=   0.75
   
6. i=  6, frags(i)%e =     -150.371404205, frags(i)%ssquare=   1.00
   
7. i=  7, frags(i)%e =     -230.237732736, frags(i)%ssquare=   1.00
   
8. 
   
9. If you are performing a GKS-EDA calculation using DFT or a LMO-EDA calculation
   
10. using HF, then the following energy should be close to 'TOTAL INTERACTION ENERGY'
    
11. of 'OWN BASIS SET' section in GAMESS output:
    
12.    -107.03 kcal/mol
    
13. 
    
14. and the following energy should be close to 'TOTAL INTERACTION ENERGY' of
    
15. 'ALL BASIS SET' section in GAMESS output:
    
16.    -106.58 kcal/mol

复制代码

此时会生成GKS-EDA输入文件和轨道文件ethane_O2.inp，用来做能量分解计算，但这对你没啥用，就不用管了。frag_guess_wfn是开源、免费的MOKIT程序里的一个小程序。MOKIT提供在线联网安装、Linux预编译版、Windows预编译版等多种安装方式，见中文简介。

liurui

zjxitcc 发表于 2023-8-18 19:04
可以算，用frag_guess_wfn小程序调用Gaussian即可搞定（不依赖其他程序）。frag_guess_wfn原本是设计用来产 ...

收到，谢谢老师，学生去做一下，非常感谢！