请问cp2k刚开始运行就中断如何解决？

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-11 11:22:05

本帖最后由红茶泡枸杞于 2023-7-17 14:59 编辑

在学习cp2k过程中,我在sob老师博文<CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法>中复制的例子,Multiwfn生成的2*2*2金刚石超胞做PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH单点计算,cp2k可正常运行.
在sob老师另一篇博文<使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件>中下载了另一个例子,做COF（共价有机框架）化合物的单点任务,采用centos8 cp2k2023.1无法运行,输入文件和输出文件如下
下面文件是cp2k.ssmp得到的,尝试cp2k.popt会出现如下字句
Primary job terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 1 with PID 0 on node localhost exited on signal 9 (Killed).

不知是编译问题还是输入文件问题,请问该如何解决?

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-11 12:06:54

若无特殊情况一律用popt版
贴出来popt版运行的命令和输出文件

ssmp版对于考虑k点的任务往往效率极低，而且你还只给了区区2个核，不慢才怪

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-11 12:50:32

sobereva 发表于 2023-7-11 12:06
若无特殊情况一律用popt版
贴出来popt版运行的命令和输出文件

好的,老师,这个是popt版运行命令,输出文件重新编辑在上面博文中
mpirun -np 2 cp2k.popt cof.inp |tee cof.out

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-11 12:55:24

红茶泡枸杞发表于 2023-7-11 12:50
好的,老师,这个是popt版运行命令,输出文件重新编辑在上面博文中
mpirun -np 2 cp2k.popt cof.inp |tee c ...

命令和输出文件没看出什么问题，估计纯粹就是CPU太慢
可以用个更小体系进行测试，比如金刚石原胞

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-11 13:18:27

本帖最后由红茶泡枸杞于 2023-7-11 13:22 编辑

sobereva 发表于 2023-7-11 12:55
命令和输出文件没看出什么问题，估计纯粹就是CPU太慢
可以用个更小体系进行测试，比如金刚石原胞

好的,谢谢老师,我是在自己的电脑上练习的,如果要计算的话,比如大一点的体系,在自己的电脑是无法计算的是吗?在服务器上会不会好一点呢?

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-11 13:50:55

红茶泡枸杞发表于 2023-7-11 13:18
好的,谢谢老师,我是在自己的电脑上练习的,如果要计算的话,比如大一点的体系,在自己的电脑是无法计算的是 ...

是
你的CPU物理核心有6个，给两核也太少了。给6核说不定还能凑合跑得动

另外，popt版如果是程序卡在那里，一直算但输出信息不更新，那是CPU性能的问题。如果是自动停掉了，那大概率是编译或者MPI库的问题。

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-11 13:57:30

sobereva 发表于 2023-7-11 13:50
是
你的CPU物理核心有6个，给两核也太少了。给6核说不定还能凑合跑得动

我明白了,谢谢老师.

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-11 14:30:33

sobereva 发表于 2023-7-11 13:50
是
你的CPU物理核心有6个，给两核也太少了。给6核说不定还能凑合跑得动

不好意思老师,我再问一下,我这次给了四核运行,屏幕上输出如下字句,是编译出错了吗?
--------------------------------------------------------------------------
Primary job terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 3 with PID 0 on node localhost exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-7-11 15:05:32

你可以尝试安装和使用CP2K v2022.2，说不定问题就解决了。

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-11 15:15:26

zjxitcc 发表于 2023-7-11 15:05
你可以尝试安装和使用CP2K v2022.2，说不定问题就解决了。

好,我试一下,谢谢老师

ahxb · 发表于 Post on 2023-7-11 15:33:29

本帖最后由 ahxb 于 2023-7-11 15:35 编辑

看了一下输出文件，cp2k-popt.out的71至79行给出了内存信息，最主要的原因应该是内存不足，空闲内存只有约83MB（虽然71行写单位是Kb，但根据我自己跑出来的输出文件，单位应该是KB），实在是太少了。这个任务使用6核并行的话大概要6G内存，三四分钟就能算完。
其它运行中给出的报错很可能也是因为内存不够。

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-11 16:24:32

ahxb 发表于 2023-7-11 15:33
看了一下输出文件，cp2k-popt.out的71至79行给出了内存信息，最主要的原因应该是内存不足，空闲内存只有约8 ...

好的,谢谢老师,我下去再想想办法

ddddnight · 发表于 Post on 2023-7-12 12:13:17

红茶泡枸杞发表于 2023-7-11 16:24
好的,谢谢老师,我下去再想想办法

请问你这个问题解决了吗

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-13 17:43:36

ddddnight 发表于 2023-7-12 12:13
请问你这个问题解决了吗

内存问题我不会搞，所以我把之前2023版的删了，现在在重新编译2022.2版的，尝试一下。

PoorChaos · 发表于 Post on 2023-7-14 10:37:35

虚拟机下运行的？

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