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[GROMACS] 求助:如何分析随着共溶剂加入离子液体被阴阳离子分开?

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我做了不同浓度下(0.5-0.1mol)离子液体与DMSO(0.5-0.9)的动力学模拟;实验结果应该是加入0.9molDMSO时,阴阳离子被DMSO分开,但是IL:DMSO(0.1:0.9)RDF图(阳离子不同位点与阴离子的一个位点或者与dmso的一个原子位点)显示阳离子周围主要分布的还是阴离子;应该通过分析那些数据证明0.1mol离子液体被DMSO分开了?

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发表于 Post on 2023-11-3 03:54:09 | 只看该作者 Only view this author
除了查看阳离子原子周围的阴离子原子的rdf外,也同时查看阳离子附近DMSO原子的rdf,看是否随浓度增加有密度提升的趋势。并且DMSO加得浓度比实验更高再看看情况,由于力场精度原因不可能正好吻合实验
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-8 19:14:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-3 03:54
除了查看阳离子原子周围的阴离子原子的rdf外,也同时查看阳离子附近DMSO原子的rdf,看是否随浓度增加有密度 ...

老师,随着dmso浓度增加,密度是有提升趋势;且不同摩尔比下模拟密度和实验密度误差在3%以内,我又做了0.05mol离子液体和0.95mol的dmso动力学模拟,做了阳离子上H00位点和阴离子上的o05位点的RDF以及阳离子上H00位点和dmso上的o09位点的RDF,发现阳离子上H00位点周围还是阴离子O05分布的多。但是做sdf分析时发现阴阳离子被dmso隔开了 为什么rdf会对不上呢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-8 19:18:46 | 只看该作者 Only view this author
老师 这是0.05mol离子液体和0.95moldmso下的rdf图,以及我分析的位点对应的图,因为老师说H00位点阴阳离子之间氢键作用最强 如果这个氢键被打破了,则可以证明阴阳离子被dmso分开了,我理解的rdf图应该在这个位点周围分布的dmso应该多余阴离子才能证明阴阳离子被分开了,是吗老师?

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发表于 Post on 2023-11-9 17:02:43 | 只看该作者 Only view this author
马天湉 发表于 2023-11-8 19:18
老师 这是0.05mol离子液体和0.95moldmso下的rdf图,以及我分析的位点对应的图,因为老师说H00位点阴阳离子 ...

未必阳离子只有H00处能显著跟阴离子的羧酸根形成显著静电吸引相互作用。至少看一下阳离子的原子电荷判断

当前rdf上至少体现DMSO还没有充分分开阴阳离子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 18:47:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-9 17:02
未必阳离子只有H00处能显著跟阴离子的羧酸根形成显著静电吸引相互作用。至少看一下阳离子的原子电荷判断
...

感谢老师 H00位点是阳离子中带正电荷最多的原子,羧酸根中两个O带负电一样多,我还分析了其他位点的RDF图 都是阳离子与阴离子的峰明显高于阳离子与DMSO的峰,请问老师您说的还没有充分分开是指阳离子与dmso的峰低于阳离子与阴离子之间的峰吗?如果阳离子与dmso的峰高于与阴离子的峰是不是可以证明充分分开了?

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发表于 Post on 2023-11-10 07:08:38 | 只看该作者 Only view this author
马天湉 发表于 2023-11-9 18:47
感谢老师 H00位点是阳离子中带正电荷最多的原子,羧酸根中两个O带负电一样多,我还分析了其他位点的RDF图 ...

“充分分开”没有统一的界定标准,标准是你自己定义的
A-B严格的充分分开是A附近根本没有B,但从你的图上来看显然不是这样
根据rdf的定义去理解结果
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-10 08:34:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-10 07:08
“充分分开”没有统一的界定标准,标准是你自己定义的
A-B严格的充分分开是A附近根本没有B,但从你的图 ...

感谢老师

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