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[ORCA] ORCA中SMD的CPCM疑似存在bug

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本帖最后由 linq5203 于 2020-4-30 14:28 编辑

我对一批同系物使用M062X/6-31G*级别靠SMD计算溶解自由能时,发现ORCA对其中一个物质在正辛醇中溶解自由能的计算有问题。(ORCA好像不支持M052X)对于同系物,溶解自由能一般是规律性变化的,但这批中的同系物N算的溶解自由能和前后的N-1,N+1相比,出现了波动。检查property.txt文件,发现N-1,N,N+1的dielectric energy部分存在波动。又使用ORCA的CPCM和G09 D.01的SMD算了溶解自由能,发现合情合理地表现出规律性。下表标1的是ORCA的SMD算的,标2的是ORCA的CPCM算的,标3的是G09 D.01的SMD算的,自由能为了与实验对比+1.89。(感谢sob老师的提醒)

由此可见,确实是在SMD中CPCM部分偶发问题。(不过对比格点数据,ORCA的格点数量和质量都比Gaussian差不少,难说对于其他体系会不会出现大问题。)
另外后来用ORCA又跑了另一批同系物,没有出现这个问题。所以这个问题可能只在极特殊的情况下出现。
目前主要问题是对于少见的这种程序问题,该怎么给实验工作者或审稿人说明。




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发表于 Post on 2020-4-28 13:48:10 | 只看该作者 Only view this author
建议发到ORCA论坛或者给Frank Neese写信

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发表于 Post on 2020-4-29 02:09:35 | 只看该作者 Only view this author
表格里每一项是什么含义都应当详细说明,否则理解起来很累

CPCM本来就和Gaussian默认的IEFPCM形式差异很大,所以不能指望能够很好重现Gaussian的溶解自由能的结果。并且还需要把情况具体分析,看到底是极性部分带来的差异还是非极性部分就有所不同。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-29 09:49:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-29 02:09
表格里每一项是什么含义都应当详细说明,否则理解起来很累

CPCM本来就和Gaussian默认的IEFPCM形式差异很 ...

感谢sob老师的提醒,已经改正

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发表于 Post on 2020-4-30 07:14:09 | 只看该作者 Only view this author
如果你的计算方式合理,那么按理说应当是ORCA的SMD的非极性部分比较诡异。
按理说ORCA和Gaussian的SMD的非极性部分应该是一样,应当对比一下看看是否有显著差别
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-30 14:26:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-30 07:14
如果你的计算方式合理,那么按理说应当是ORCA的SMD的非极性部分比较诡异。
按理说ORCA和Gaussian的SMD的非 ...

加入了非极性部分的对比,确实是就这一个结构的SMD中的CPCM的极性部分出现问题

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实验组内的DFT计算、MD模拟爱好者

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发表于 Post on 2023-9-12 22:40:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-30 07:14
如果你的计算方式合理,那么按理说应当是ORCA的SMD的非极性部分比较诡异。
按理说ORCA和Gaussian的SMD的非 ...

老师,想请教您几个疑问:1.ORCA中SMD溶剂化模型及算完单点后,输出文件中的SMD CDS free energy correction energy是不是对应着溶剂对溶质的非静电或者叫非极性部分的能量贡献。2,极性部分的贡献是不是通过用SMD溶剂模型下的单点能减去真空下的单点能得到一个总的溶剂化能量,再用这个能量再减去上述的非极性部分,即可得到极性部分(静电部分),我看了ORCA中的手册,貌似输出文件没有直接给出极性部分的能量。3.溶剂化能,极性部分和非极性部分的值均为正代表什么物理意义呢
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

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发表于 Post on 2023-9-12 22:50:24 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2023-9-12 22:40
老师,想请教您几个疑问:1.ORCA中SMD溶剂化模型及算完单点后,输出文件中的SMD CDS free energy correct ...

随便找个简单体系,用HF/def2-SVP对比一下两个程序SMD的输出便知,如果能找到和Gaussian输出的非极性部分的数值差不多的量自然就是那个了
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发表于 Post on 2023-9-13 09:17:14 | 只看该作者 Only view this author
Orca 存在数百万个错误,从溶剂化模型实现(SMD、CPCM 等)到激发态(TDDFT、CASSCF 等)以及与 DLPNO-CCSD 方法相关的其他内容。即使是简单的 HF 实现在非平衡距离上也存在一些错误,因此 CCSD(T) 。我们对 ORCA 进行了很多基准测试,并且始终避免使用 ORCA 进行实际计算。到目前为止只使用了EDS模块,但似乎也不好。

所以:使用 GAUSSIAN 进行研究,使用 MOLCAS 和 MOLPRO 进行多参考计算,远离 ORCA

Google Translate may be not good, sorry.

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