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[GROMACS] acpype.py生成itp文件的atomtypes中的原子类型电荷都为0,正常吗?

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大家好,我用acpype.py脚本生成了sta的itp文件,其中atomtypes中的原子类型电荷都为0,而atoms中有电荷值,这种情况正常吗?这样的itp文件可以用吗?




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发表于 Post on 2022-9-26 16:37:00 | 只看该作者 Only view this author
用懒人脚本算的电荷去替换[atoms]里面的电荷,明显会更好。atomtype里面的电荷为0没关系,因为会用[atoms]里面的
http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-26 19:33:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 大头攒毛 于 2022-9-26 19:47 编辑

谢谢您的回复,我想问一下,通过acpype脚本得到的AM1-BCC电荷和RESP电荷,分别用于分子动力学模拟,得到的体系中某两个原子之间的距离数据,差别会很大吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-26 21:18:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 大头攒毛 于 2022-9-26 21:22 编辑
牧生 发表于 2022-9-26 16:37
用懒人脚本算的电荷去替换[atoms]里面的电荷,明显会更好。atomtype里面的电荷为0没关系,因为会用[atoms] ...

请问,我想算一下RESP2电荷,是在水溶剂中,这里的solvent=water就可以了吗?


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发表于 Post on 2022-9-27 01:49:48 | 只看该作者 Only view this author
大头攒毛 发表于 2022-9-26 19:33
谢谢您的回复,我想问一下,通过acpype脚本得到的AM1-BCC电荷和RESP电荷,分别用于分子动力学模拟,得到的 ...

AM1-BCC比RESP、RESP2(0.5)差远了
小分子体系如今没有任何理由用AM1-BCC,用这个发文章也极有可能被审稿人问为什么不用RESP
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发表于 Post on 2022-9-27 01:50:22 | 只看该作者 Only view this author
大头攒毛 发表于 2022-9-26 21:18
请问,我想算一下RESP2电荷,是在水溶剂中,这里的solvent=water就可以了吗?

直接用里面的懒人脚本,一行命令算出来,又省事又不会出错

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
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发表于 Post on 2022-9-27 01:51:02 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “acpype.py生成itp文件的电荷” 改了,以后务必注意
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-27 22:39:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-27 01:51
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

谢谢老师的回复

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-3 10:36:06 | 只看该作者 Only view this author
大家好,我想问一下,我要算蛋白质配体的RESP电荷,看了sob老师的博文,发现溶剂有三种选择,我该选择哪一种?
①water
②ethanol
③ε=4
谢谢了

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发表于 Post on 2023-12-21 13:49:56 | 只看该作者 Only view this author
有个问题,如果反过来,atomtype中有电荷,atom里电荷为0,这样的itp能用吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 21:33:39 | 只看该作者 Only view this author
武燚 发表于 2023-12-21 13:49
有个问题,如果反过来,atomtype中有电荷,atom里电荷为0,这样的itp能用吗?

atom里面必须有电荷,atomtype有没有电荷无所谓

忍不住吐槽一句:上帝发明了光,请你别跟上帝过不去

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发表于 Post on 2023-12-23 14:04:43 | 只看该作者 Only view this author
大头攒毛 发表于 2023-12-22 21:33
atom里面必须有电荷,atomtype有没有电荷无所谓

忍不住吐槽一句:上帝发明了光,请你别跟上帝过不去

谢谢,懂了,因为我正好遇见反过来的情况了,不确定所以问一下,感谢!

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