如何使用自己构建的立场粗粒化

acoustic · 发表于 Post on 2023-10-1 22:02:34

将100多个原子的分子划分成了4个CG珠子，半径采用回转半径，坐标使用每个珠子的质心
因为不会自己生成CG的水，就直接使用了别人生成好的Maritini的CG水盒子（因为求珠子半径的方法不同，不知道这样直接使用Martini的水珠子是否有很大影响）？

采用玻尔兹曼反演方法进行粗粒化：将由键长键角分布函数玻尔兹曼反演后得到的U，拟合为U=K（b-b0）^2，b0取的是分布函数的平均值，得到K。反演使用得分布函数是否要归一化为纵坐标为0-1之间的函数？

使用此K，b0进行粗粒化模拟，但得到的键角分布很奇怪，试图调整，但无论改变K还是b0，键角的分布并没有什么改变，请问我该如何调整使得由CG得到的键长键角分布函数，可以与AA得到的吻合

以下是我的mdp文件

CG_em.mdp (4.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

CG_eq.mdp (4.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

CG_run.mdp (4.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-10-2 10:55:33

可以使用迭代玻尔兹曼反演的方法，将全原子和粗粒化分布都转化为自由能，计算每个点的自由能差。将自由能差当成势能差加到每个势能格点上，重复此过程即可使得粗粒化自由能面和全原子自由能面较为一致。
当然你的case更直接的是直接将平衡角度设置成全原子的平衡角度，然后调整力常数来改变峰宽峰高。
就像第三个图你的平衡位置基本是对的，把力常数增大一倍左右可能就和全原子比较像。
还有你b0是键长的平衡位置，和键角的分布没有那么直接的关系。
最后就是粗粒化重要的是你要做什么。目的不同带来不同的参数化策略和参数化目标。你这个system要注意参数化你的bead和CG water的作用以及bead和bead的作用（如果你有多个bead的话）

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-10-2 10:57:00

还有提供mdp文件基本没有意义
重要的是你的拓扑文件就是top和itp

acoustic · 发表于 Post on 2023-10-2 12:06:05

本帖最后由 acoustic 于 2023-10-2 17:18 编辑

@对抗路达摩感谢回复~
我在拟合键长势能时，U=K（x-x0）中x0取的是键长的平均值；在拟合键角势能时，x0取的是键角平均值。以下是“真实值”是我采用归一化概率函数（将概率分布函数采用y-ymin/ymax-ymin处理，使概率值属于[0-1]）得到的，拟合势能是由U=K（x-x0）得到的。

1.我试图改变键角的K值，无论我改成2倍、10倍、100倍、甚至我取消了itp中键角的设置，我得到的CG键角分布函数都几乎没有改变，有可能是我哪里设置的不对呢？下面是我的itp和top文件

CG_C2.itp (1.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

CG_topol.top (832 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 16)

CG_water.itp (156 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 15)

2.还有就是因为我不会粗粒化水就直接使用用别人建好的martini水盒子是否因为半径的计算方式不同而会有较大差距？
3.因为看到有文章的静电势能只是针对溶液中的离子计算，我的溶液是水，所以在粗粒化的珠子中我并没有给电荷，不打算计算他们的静电势能，这样做是否合理？
期待您的回复~

zdworld · 发表于 Post on 2023-10-2 21:15:10

请问你处理二面角项了吗？

acoustic · 发表于 Post on 2023-10-3 16:11:48

zdworld 发表于 2023-10-2 21:15
请问你处理二面角项了吗？

没有的因为粗粒化完只有四个珠子 3个angle就把结构描述了所以没有用二面角

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-10-4 13:23:46

因为你这里没有排除1 3粒子的nonbonded作用
显然角度是nonbonded参数和非键参数共同决定的。
你可以先把1 3作用排除看是否分布会被键角的力常数和平衡位置影响
如果你想在保持1 3非键的情况下来复现分布可以考虑迭代玻尔兹曼反演并使用多个不同平衡值和力常数的键角项，不过效果肯定没有在二面角中这么做好。

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-10-4 13:26:48

同时我想说的是你这里的sigma或epsilon是怎么得到的

acoustic · 发表于 Post on 2023-10-5 18:26:09

对抗路达摩发表于 2023-10-4 13:26
同时我想说的是你这里的sigma或epsilon是怎么得到的

sigma取的是回转半径，epsilon是参考文献取的；猜测是三个角互相制约，所以取消了一个角的限制，这时分布就合理了。但现在问题是：我的体系好像一直都没平衡，用VMD观察发现盒子一直在增大，可能是哪里出了问题呢

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-10-6 13:42:40

因为你用了martini CG water。你不光有自己的粗粒化粒子相互作用的term，还有你的粒子和martini CG water作用的term，你是没有做这里的参数化的。
如果你所谓的参考文献完全没有考虑CG water，那你和CG water作用的term(根据combination rule算出来的)显然有可能是很不合理的

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