MS建模，给氧原子加氢后输出pdb文件的原子顺序问题

zc_charles_li · 发表于 Post on 2019-3-17 17:43:04

如题，用MS建晶体，添加完O之后，点击make P1，然后再添加H，输出pdb文件之后发现是按照先输出全部O坐标后输出H坐标。请问如果想要按照水分子OHH的顺序输出，需要怎么操作？还是只能手动修改输出的pdb文件？

shgpei · 发表于 Post on 2019-7-8 10:08:34

请问大佬问题解决了吗？同问，求分享

zc_charles_li · 发表于 Post on 2019-7-8 11:53:38

shgpei 发表于 2019-7-8 10:08
请问大佬问题解决了吗？同问，求分享

我是用Python把输出结果中O和H坐标信息行的位置改了一下，得到想要的顺序的。

shgpei · 发表于 Post on 2019-7-9 20:59:40

谢谢楼主

mol · 发表于 Post on 2023-9-27 10:32:45

zc_charles_li 发表于 2019-7-8 11:53
我是用Python把输出结果中O和H坐标信息行的位置改了一下，得到想要的顺序的。

lz可以分享下程序吗

zc_charles_li · 发表于 Post on 2023-10-9 20:33:55

mol 发表于 2023-9-27 10:32
lz可以分享下程序吗

抱歉，脚本找不到了...
那会的思路应该是：从MS导出的pdb文件中逐行读取，然后按照想要的顺序写到一个新的文件中

牧生 · 发表于 Post on 2023-10-10 07:00:46

mol 发表于 2023-9-27 10:32
lz可以分享下程序吗

• 令非氢原子的序号都处在氢原子前面。这有实际用处，比如《使用Multiwfn绘制跃迁密度矩阵和电荷转移矩阵考察电子激发特征》（http://sobereva.com/436）里绘制原子的跃迁密度矩阵热图的时候一般都是忽略氢的，如果先用这个功能把氢的序号都弄到非氢原子后面去再做计算，则跃迁密度矩阵图的坐标轴上的序号就会和非氢原子序号直接对应

复制代码

mol · 发表于 Post on 2023-10-10 08:17:42

牧生发表于 2023-10-10 07:00
http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html

谢谢前辈

mol · 发表于 Post on 2023-10-10 08:18:15

zc_charles_li 发表于 2023-10-9 20:33
抱歉，脚本找不到了...
那会的思路应该是：从MS导出的pdb文件中逐行读取，然后按照想要的顺序写到一个新 ...

谢谢前辈

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[Material Studio] MS建模，给氧原子加氢后输出pdb文件的原子顺序问题