求助：模拟的系统总是卡在meta stable的结构里

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-5-24 07:37:14

各位老师好，我用gmx主要是做分子晶体结构的研究，但是模拟的系统即便在很长的模拟时间后还是很容易卡在某个local minimum里，不是最终的平衡态（我们有最终结果的相图的，所以预先知道不同参数下最终平衡的对称性结构应该是什么样的），请问有什么简单的方法能够解决吗，感谢！

HZW · 发表于 Post on 2022-5-24 10:47:04

可以试下增强采样方法。

get-it · 发表于 Post on 2022-5-24 15:27:43

你需要的应该是结构搜索而不是md

snljty2 · 发表于 Post on 2022-5-24 15:56:09

考虑周期性退火？

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-5-25 05:53:49

HZW 发表于 2022-5-24 10:47
可以试下增强采样方法。

好的，非常感谢！想问下，对于我这种一千个低聚物分子形成的液晶体系，哪一种增强采样方法比较合适呀，感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-25 06:10:08

FrancisLi 发表于 2022-5-25 05:53
好的，非常感谢！想问下，对于我这种一千个低聚物分子形成的液晶体系，哪一种增强采样方法比较合适呀，感 ...

模拟退火

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-5-25 06:18:57

snljty2 发表于 2022-5-24 15:56
考虑周期性退火？

感谢！请问周期性退火要怎么设置呀，能给个例子吗，非常感谢！

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-5-25 06:38:54

sobereva 发表于 2022-5-25 06:10
模拟退火

感谢sob老师！请问模拟退火具体要怎么设置呀，能否给个例子，非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-25 06:52:40

FrancisLi 发表于 2022-5-25 06:38
感谢sob老师！请问模拟退火具体要怎么设置呀，能否给个例子，非常感谢！

升到高温，跑一阵，然后缓慢降温。相关知识google一搜一堆
gmx相关选项的用法示例（此例不对应一般意义的退火过程，只是给个变温的例子）

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-5-25 07:24:53

sobereva 发表于 2022-5-25 06:52
升到高温，跑一阵，然后缓慢降温。相关知识google一搜一堆
gmx相关选项的用法示例（此例不对应一般意义 ...

哦哦太感谢了！还有几个小问题：
1. 您说的模拟退火应该是指单次退火，想问下周期性退火和单次退火都属于增强采样方法吗?
2. 如果要做能量最小化是应该在退火前做还是之后呀?
3. 在不做退火的情形下直接做能量最小化会不会增加系统卡在局部极小值的可能性呢？
感谢sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-26 06:08:37

FrancisLi 发表于 2022-5-25 07:24
哦哦太感谢了！还有几个小问题：
1. 您说的模拟退火应该是指单次退火，想问下周期性退火和单次退火都属 ...

1 是
退火找到能量最低构型是有一定概率性的（和体系、降温速度、初始结构等方面有关），反复做很多次，取其中最低的，可以提高找到能量最低结构的概率

2 比较好的做法是做周期性退火，对各个对应于0K的帧分别做能量最小化，取结果里能量最低的作为最稳定结构

3 势能面复杂而且又没有比较好的初猜结构的情况，几乎一定会如此

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