计算离子通道离子的PMF 相关问题请教

uenh1998

      如题，我最近搭建了一个跨膜通道蛋白，想计算一下通道内离子的PMF，横坐标为在通道的位置。下载下来结构以后查看，结构完整，通道轮廓清晰（如图1所示，DPPC磷脂省略），开始时候想先平衡一下再计算离子的


PMF。平衡以后发现结构发生变化（图2）. 橙色为离子，发现通道蛋白变形，通道的形状不太明显，且拉动离子时候（X Y方向不冻结，且在Z方向通道方向拉离子）发现离子偏离通道中心位置，跑到蛋白里面了。
想问老师：
如果计算PMF的话，下载下来的规则结构需不需要先平衡一下；
计算PMF时候，需不需要为蛋白质添加限制势；
图2发生的离子偏离通道中心位置，跑到蛋白里面这个情况有问题么，还想问下有没有做离子通道PMF的相关方法，貌似培训班里只有金属的拉伸剪切可以参考。

Acee

可以看看这两个文章
https://mp.weixin.qq.com/s/PG8niVc2r6aIY9pn_WbprA
https://mp.weixin.qq.com/s/AxCmX2SUtS7tOQRyrh6SbQ

uenh1998

Acee 发表于 2023-11-5 22:52
可以看看这两个文章
https://mp.weixin.qq.com/s/PG8niVc2r6aIY9pn_WbprA
https://mp.weixin.qq.com/s/Ax ...

感谢大佬的帮助，我参考一下。

uenh1998

uenh1998 发表于 2023-11-6 14:06
感谢大佬的帮助，我参考一下。

按照相关的教程，我绘制了通道内钠离子做拉伸动力学模拟穿过离子通道的拉力随着模拟时间的变化曲线，可见有一个最大值，过了最大值，曲线陡然下降，斜率很大，请问一般这样的曲线是合理的吗。
谢谢大家。