簇模型如何快速准确地加氢

终_焉 · 发表于 Post on 2022-1-26 16:09:56

参考博文http://sobereva.com/597
通过VMD挖取了蛋白质活性口袋的结构，希望加氢处理后进行量化计算。
目前尝试过使用GaussView的pdb加氢选项进行自动加氢，也试过使用OpenBabel的-h参数进行加氢处理，但是结果都不尽如人意。想请教一下大家，除了手动加氢以外，有其他简便快速、尽量准确的软件/方法对簇模型进行加氢处理吗？

另外，在加氢完毕后，GaussView经常识别得到电中性二重态的结构，应该是电荷的指认有问题，这个问题大家是怎么解决的？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-27 01:39:02

先用gview自动加氢，然后加的不对的再修改，没什么费劲的
别管GaussView判断什么，那只是满足数学关系而已，GaussView才不知道实际是什么情况

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2022-5-24 14:12:40

楼主你好，请问你找到合适的加氢方式了吗，我也遇到了同样的问题，软件加的氢在后续冻结边界原子优化后进行频率计算会造成非常大的虚频（-100~-200），影响找过渡态，想请教一下怎么解决

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-30 06:17:42

溪临昭煌发表于 2022-5-24 14:12
楼主你好，请问你找到合适的加氢方式了吗，我也遇到了同样的问题，软件加的氢在后续冻结边界原子优化后进行 ...

把你的模型截图帖出来，输入文件上传，说清楚冻结了哪里

恰当冻结根本不会出现你的情况

zhaowang · 发表于 Post on 2023-3-10 15:40:46

请问GaussView对pbd自动加氢怎么操作呀，百度不到，也找不到按钮

bgs · 发表于 Post on 2023-10-29 20:17:29

zhaowang 发表于 2023-3-10 15:40
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[蛋白质建模] 簇模型如何快速准确地加氢

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