求助拓扑文件和VMD的resname选项问题

Conan · 发表于 Post on 2023-11-4 16:48:29

本帖最后由 Conan 于 2023-11-4 16:49 编辑

大家好！我是刚刚学习gromacs的新手，用packmol创建了水油两相模型，如下图1，现在出现了几个问题想问一下大家，还望大家不吝赐教

1.完全跟着sobtop教程创建单分子itp文件后，创建了整体的top文件（顺序数量无错误），能量最小化第一步出现了下面的warning（图3）；
2.把warning忽略跑完md后，想用VMD进行分析，但是进行Graphics-Representations-Selections-Resname里面只有MOL一项，我看sob老师的例子中包含了模型中的每一种分子
3.跑完模拟后，水相上面出现了下面油相的分子，如图2
4.力场的itp文件include的是路径吗？itp文件需要也放在计算的同一文件夹下吗？
想请大家帮我看一看itp和top文件是否存在错误，还有VMD的画图问题怎么解决，感谢大家！

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-5 13:15:37

top文件刚一开始就是错的，后面的就不看了
你用sobtop产生的是基于GAFF的拓扑文件，怎么能#include "charmm27.ff/forcefield.itp"，其[defaults]字段跟GAFF根本就不兼容。太缺乏基本常识

sobtop产生的拓扑文件里的残基名都是MOL，想进行区分就手动改成别的

水的拓扑文件直接用现成的水模型，毫无必要也不应当用sobtop以通用方式来产生。

Conan · 发表于 Post on 2023-11-6 10:05:19

sobereva 发表于 2023-11-5 13:15
top文件刚一开始就是错的，后面的就不看了
你用sobtop产生的是基于GAFF的拓扑文件，怎么能#include "charm ...

大致明白了，感谢老师！

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