计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1226|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:离子液体动力学模拟相互作用能分析如何除以分子数?

[复制链接 Copy URL]

66

帖子

0

威望

445

eV
积分
511

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
请问我的体系是410对离子液体 614个dmso分子,如果我要算离子液体中单个阳离子与dmso之间的相互作用能, 是用阳离子与dmso相互作用能(Coul- SR+LJ-SR)/(410*614)吗?如果算dmso-dmso相互作用是用(Coul-SR+LJ-SR+Coul-14+LJ14)/614*614吗?请各位老师指点迷津,感谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-10-27 08:22:42 | 只看该作者 Only view this author
1 是

2 如果你要算分子间的,显然不能纳入1-4,这是分子内的。另外,甲基的氢之间可能有隔四个键的非键相互作用,必须扣除
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

66

帖子

0

威望

445

eV
积分
511

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-27 17:14:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-27 08:22
1 是

2 如果你要算分子间的,显然不能纳入1-4,这是分子内的。另外,甲基的氢之间可能有隔四个键的非键 ...

感谢老师的回答;请问dmso-dmso之间如果不加1-4之间的相互作用能的话 算出来为正值 ;加了14相互作用能dmso之间相互作用能就是负值了,如果要比较不同摩尔浓度下的dmso-dmso分子之间相互作用是不是不考虑14,正值也无妨 。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-10-28 03:49:01 | 只看该作者 Only view this author
马天湉 发表于 2023-10-27 17:14
感谢老师的回答;请问dmso-dmso之间如果不加1-4之间的相互作用能的话 算出来为正值 ;加了14相互作用能dm ...



但这只是一方面,其它方面计算方式也得合理,诸如应当用cutoff方式算非键作用并结合尽量大的截断半径
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

66

帖子

0

威望

445

eV
积分
511

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-6 13:18:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-27 08:22
1 是

2 如果你要算分子间的,显然不能纳入1-4,这是分子内的。另外,甲基的氢之间可能有隔四个键的非键 ...

老师 我用cutoff1.5算相互作用能 ,按这个方法除以分子数 ,纯离子液体中阴阳离子之间的相互作用能低于加入溶剂dmso时的相互作用能,和文献中不一致,文献中是纯离子液体中阴阳离子之间相互作用能明显高于加入溶剂dmso时的相互作用能。纯离子液体中有1024对阴阳离子我用阴阳离子之间的(LJ+Coul)/1024*1024 然后离子液体与DMSO(1:1)时是512对离子液体和512个dmso,我算阴阳离子之间相互作用是用阴阳离子之间LJ+Coul/(512*512)。请问这样算对吗?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 02:34 , Processed in 0.176893 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list