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[GROMACS] IL-CO2体系的RDF图有点怪

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本帖最后由 qjy111 于 2023-11-2 21:26 编辑

最近做IL-CO2体系的MD模拟有点困绕,所以想问一下大家。离子液体采用的力场是全原子力场,CO2使用的是sob老师的EPM2模型,结构文件是采用packmol生成。没有进行拉伸盒子让CO2形成真空区,就把CO2当初普通物质看待。因此也没有DispCorr    = no.在能量最小化和nvt,npt后,做出来的RDF很怪。如下图是阳离子-CO2,阴离子-CO2的质心RDF。因此我尝试更换CO2力场,但是能量最小化出现警告
.

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发表于 Post on 2023-11-3 04:00:42 | 只看该作者 Only view this author
贴体系截图

如果是CO2溶在IL里,整个盒子都是液态,那DispCorr    = no是没必要。如果是气-液状态,需要DispCorr    = no
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-3 15:42:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-3 04:00
贴体系截图

如果是CO2溶在IL里,整个盒子都是液态,那DispCorr    = no是没必要。如果是气-液状态,需要 ...

sob老师,我研究的是CO2溶在IL里,体系截图是这个嘛,sobl老师,我想问一下我的npt文件哪里有问题嘛


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发表于 Post on 2023-11-4 05:12:33 | 只看该作者 Only view this author
qjy111 发表于 2023-11-3 15:42
sob老师,我研究的是CO2溶在IL里,体系截图是这个嘛,sobl老师,我想问一下我的npt文件哪里有问题嘛


...

mdp没明显问题
rdf就说明阳离子的原子跟CO2没有什么特别的亲合性。
IL离子的原子数很多,不同原子特征差异很大,你也可以只以IL离子的特定原子作为参考组来计算rdf试图挖掘额外的与CO2相互作用的信息。
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发表于 Post on 2023-11-9 08:49:00 | 只看该作者 Only view this author
请问一下质心RDF应该如何做,我只会分析位点与位点之间的RDF,可以解释一下吗?感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-15 20:53:06 | 只看该作者 Only view this author
马天湉 发表于 2023-11-9 08:49
请问一下质心RDF应该如何做,我只会分析位点与位点之间的RDF,可以解释一下吗?感谢!

使用rdf命令,gmx rdf -f npt2.xtc -n index.ndx -o vv.xvg,如果使用其他文件用-h查询

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