计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 14643|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 蛋白和配体之间氢键计算问题

[复制链接 Copy URL]

104

帖子

0

威望

457

eV
积分
561

Level 4 (黑子)

关于计算蛋白和配体之间氢键有几个问题想请教一下老师
1.用gromacs和vmd分析氢键哪个更合理一些
2.vmd里氢键默认的判据是3.0A,20度,而您的讲义里写的是3.5A,30度,请问应该用哪个判据更合理呢


5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-3-15 04:30:01 | 只看该作者 Only view this author




VMD默认的判据太严,根本不适合实际使用。
判断标准相同时(注意俩程序考虑的氢键键角的差异,见上图),gmx hbonds和VMD判断结果一致。但VMD没法判断跨盒子的氢键,这是需要注意的。


评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
一条君 + 3 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

104

帖子

0

威望

457

eV
积分
561

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-15 10:09:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-15 04:30
VMD默认的判据太严,根本不适合实际使用。
判断标准相同时(注意俩程序考虑的氢键键角的差异,见 ...

谢谢老师,看了您的第二张ppt,里面是建议如果用vmd判断氢键,角度判据要改成43.1度呢?还是维持您讲义里写的30度就好。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-3-16 07:07:04 | 只看该作者 Only view this author
961106 发表于 2021-3-15 10:09
谢谢老师,看了您的第二张ppt,里面是建议如果用vmd判断氢键,角度判据要改成43.1度呢?还是维持您讲义里 ...

43.1
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

173

帖子

0

威望

949

eV
积分
1122

Level 4 (黑子)

5#
发表于 Post on 2022-3-26 21:47:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-15 04:30
VMD默认的判据太严,根本不适合实际使用。
判断标准相同时(注意俩程序考虑的氢键键角的差异,见 ...

老师,请问有机盐水体系中,OPLSAA力场,自带SPCE水模型,
(1)水分子的氧之间 rdf 第一个极小点在4埃,有问题吗,
(2)以4埃作为氢键判断阈值是否有问题,谢谢~
科音学员

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2022-3-26 22:25:49 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2022-3-26 21:47
老师,请问有机盐水体系中,OPLSAA力场,自带SPCE水模型,
(1)水分子的氧之间 rdf 第一个极小点在4埃 ...

直接贴出图来

4埃的标准略松。通常都是<3.5埃
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

173

帖子

0

威望

949

eV
积分
1122

Level 4 (黑子)

7#
发表于 Post on 2022-3-27 15:10:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2022-3-27 15:11 编辑
sobereva 发表于 2022-3-26 22:25
直接贴出图来

4埃的标准略松。通常都是

谢谢老师

g(r).png (53.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

g(r).png
科音学员

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2022-3-28 09:57:43 | 只看该作者 Only view this author

当前水的OW之间的rdf和纯水的差异较大。如果当前离子很多,可能就是不具有纯水的rdf的结构,那么没问题。最大峰位置看起来是合理的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

173

帖子

0

威望

949

eV
积分
1122

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2024-1-5 17:52:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2024-1-5 17:54 编辑
sobereva 发表于 2021-3-15 04:30
VMD默认的判据太严,根本不适合实际使用。
判断标准相同时(注意俩程序考虑的氢键键角的差异,见 ...

老师,请问根据氢键的径向分布函数g(oh),定义的氢键距离,去判定是否形成氢键可以吗?
看到文献里根据氢键距离判定,得到的氢键数量似乎没有没问题https://sci-hub.wf/10.1063/1.2742385

1.png (46.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

1.png

2.png (76.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

2.png
科音学员

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2024-1-6 17:55:22 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2024-1-5 17:52
老师,请问根据氢键的径向分布函数g(oh),定义的氢键距离,去判定是否形成氢键可以吗?
看到文献里根据 ...

2L我的ppt里就是最常用的判据
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

173

帖子

0

威望

949

eV
积分
1122

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2024-1-6 23:49:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-6 17:55
2L我的ppt里就是最常用的判据

老师,如果已经拿氢键距离作判据 统计完了,并且氢键距离判据更符合预期,(1)还是想问问老师原理上合适吗,(2)如果别人质疑引用https://sci-hub.wf/10.1063/1.2742385去回答是否可以,谢谢老师
科音学员

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 07:49 , Processed in 0.239671 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list