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[分子对接] 求助,autodock vina水合对接结果中小分子的结构很不合理,如何修正?

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本人在使用autodock vina进行水合对接,预估的结合能为正值,打开对接后的小分子结构,发现很优化的结构不太合理,请问这种情况需要用量化软件预优化一下吗?还有一些小分子的水合对接结果,其结合能倒是比较正常,但是水分子添加的位置就很不合理,与小分子离得太近,请问这种情况又改怎么处理呢?有没有遇到过此问题的大神能给一些建议或者是解决方案?

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发表于 Post on 2023-11-3 03:44:37 | 只看该作者 Only view this author
跑跑分子动力学,令结构适当弛豫
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-3 09:35:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-3 03:44
跑跑分子动力学,令结构适当弛豫

感谢老大回答,还有一点小小的疑问,对于同一个配体,相较于没有水分子参与的常规分子对接得到的结合能,这种水合对接的结合能可以与之进行数值上的比较吗?

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发表于 Post on 2023-11-4 04:55:58 | 只看该作者 Only view this author
郑素娟 发表于 2023-11-3 09:35
感谢老大回答,还有一点小小的疑问,对于同一个配体,相较于没有水分子参与的常规分子对接得到的结合能, ...

我不清楚你说的水合对接具体指什么
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-6 15:14:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-4 04:55
我不清楚你说的水合对接具体指什么

您好,我做的水合对接是通过autodock vina软件完成的,是在配体周围添加显示水分子,这些水分子是以冗余原子的形式表现的。然后用配体-水分子整体去和蛋白质进行对接。

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发表于 Post on 2023-11-7 06:33:57 | 只看该作者 Only view this author
郑素娟 发表于 2023-11-6 15:14
您好,我做的水合对接是通过autodock vina软件完成的,是在配体周围添加显示水分子,这些水分子是以冗余 ...

我不认为这种对接能有什么意义,本身结合过程中水的朝向、位置都会有很大改变
通常是常规方式将配体对接进去,然后在显式水下跑分子动力学,到时候水该去哪自然去哪
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发表于 Post on 2023-11-7 09:16:44 | 只看该作者 Only view this author
对接前的受体结构中是否有先验的水分子?如果没有的话没必要做水合吧?

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发表于 Post on 2023-11-21 10:08:21 | 只看该作者 Only view this author
要么先做普通对接,然后跑动力学模拟,要么先查文献或跑动力学模拟,看看哪些水分子在口袋里结合,并考察一下稳定性,以此来保留进行水合Docking

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-30 15:29:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-7 06:33
我不认为这种对接能有什么意义,本身结合过程中水的朝向、位置都会有很大改变
通常是常规方式将配体对接 ...

好的好的,谢谢!

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