GaussView生成内坐标时原子编号与结构中的编号对应不上

CLJJ · 发表于 Post on 2023-11-29 11:05:23

本帖最后由 CLJJ 于 2023-11-29 11:15 编辑

在用GaussView生成内坐标时原子编号与结构中的编号对应不上（如图中所示）

因为想进行势能面扫描，扫描的是O41-C11-C12-N1二面角，但是根据结构导出的二面角是不对的（O41-C11-N1-C12），请问这种问题如何解决？

swordshine · 发表于 Post on 2023-11-29 14:32:03

二面角直接用Tools里的redundant coordinates添加即可，无需转化成内坐标

CLJJ · 发表于 Post on 2023-11-29 15:31:01

swordshine 发表于 2023-11-29 14:32
二面角直接用Tools里的redundant coordinates添加即可，无需转化成内坐标

你好，我想请问我添加了二面角后也是直接在原子编号后面加上扫描的步数和度数就可以吗？是和内坐标的做法是一样的吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-1 06:30:34

先分清楚刚性扫描和柔性扫描设置上的差别，仔细看
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

柔性扫描直接在输入文件末尾写原子序号就完了，根本没必要在内坐标定义里找

如果必须做刚性扫描，又没有对应的内坐标，应当借助molclus里的gentor和xyz2QC实现，上文里也说了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Gaussian/gview] GaussView生成内坐标时原子编号与结构中的编号对应不上