关于含过渡金属催化剂催化反应吉布斯自由能垒计算的疑问

liuchenjing

各位老师们好，我最近实验上完成了含一个过渡金属配位的有机催化剂（66原子，包括金属Re）的内容，已经用Sob老师推荐的泛函和基组进行了结构优化、频率计算以及UV-Vis光谱的预测，非常感谢。

接下来需要进一步讨论催化的过程和机理，在阅读文献时发现很多人用吉布斯自由能垒来解释具体哪一个过渡态更合理（文献见图），后续打算参考Sob老师使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html），谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算（http://sobereva.com/327），两个帖子中的内容，学生有一些基础的问题还想请教一下大家。

1.计算催化反应能垒的时候，应该一开始计算上CO2吗？（G0=G催化剂+G被催化的分子吗）

2.有些文献中在计算后续过渡态吉布斯自由能时进行了部分原子的固定，什么时候需要考虑固定原子？

sobereva

1 显然得算。要不然过渡态和反应物的化学组成都不同

2 你这种体系没必要固定。诸如表面催化、催化的位点连着一个固定不动的基底之类的才需要固定