求助：关于配体密度图与clustering

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是这样的，我在amber模拟气体进入蛋白
希望作
1，气体分子对于蛋白的密度图，mdanalysis可以做这样的图，但没办法把它用某种形式（比如mesh）映射到结构用用于直观查看，请问有没有类似的造好的轮子
2，对比如10个分子做clustering，希望无差别cluster它们
parm parm
trajin nc
autoimage protein
rms first protein
cluster out cnumvtime.dat hieragglo clusters 10 epsilon x :GAS clusterout representative.pdb repfmt pdb repframe first
run

这样的cluster算法是得到的结果应该是把十个分子作为整体cluster的，即上一帧和下一帧，所有分子位置不变但是序号改变，不会被归入同一cluster
我可以对每个分子单独cluster再合并，但是想问问有没有更好的solution