求助：金属蛋白中金属的配位键如何确定？

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-4-21 20:24:44

请问各位，一个金属蛋白中其金属与金属配位键的形成，是如何判断呢？
例如下图是PDB数据库的一个锌离子依赖的蛋白，载入MOE中选中Zn离子后Siteview，有自动显示的化学键，不知道这是不是配位键，分别与4个氨基酸相连（Asp，Glu，Asn，Asn），可不可以认为它与四个氨基酸配位，如果不能这么草率判断，应该如何判断？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-22 02:42:52

图里明明是Mg2+
Zn2+可以说是配位键，Mg2+只能说是离子键

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-4-23 01:18:40

sobereva 发表于 2022-4-22 02:42
图里明明是Mg2+
Zn2+可以说是配位键，Mg2+只能说是离子键

请问sob老师，比如钙离子金属蛋白，催化中心通常钙离子是六配位，与天冬酰胺，谷氨酰胺，天冬氨酸，谷氨酸等配位，假如将原始野生型的天冬氨酸替换为谷氨酸，或者将野生的天冬酰胺转换为谷氨酰胺，这样配位氨基酸的侧链都多一个C，是不是相应的配位键的距离就会缩短，这样会影响催化效率嘛？或者说会导致蛋白直接失去催化能力？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-23 03:15:59

sun877469558 发表于 2022-4-23 01:18
请问sob老师，比如钙离子金属蛋白，催化中心通常钙离子是六配位，与天冬酰胺，谷氨酰胺，天冬氨酸，谷氨 ...

这根配位键距离没必然关系
同一种配位键，配位键距离通常和配位键强度负相关，这不是直接、简单由侧链的碳数决定的，得考虑周围环境。

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-4-23 13:55:50

sobereva 发表于 2022-4-23 03:15
这根配位键距离没必然关系
同一种配位键，配位键距离通常和配位键强度负相关，这不是直接、简单由侧链的 ...

明白了，谢谢老师

liu19950830 · 发表于 Post on 2023-12-27 10:27:01

sobereva 发表于 2022-4-22 02:42
图里明明是Mg2+
Zn2+可以说是配位键，Mg2+只能说是离子键

请教sob老师，为什么您说Mg2+只能说是离子键？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-28 10:12:48

liu19950830 发表于 2023-12-27 10:27
请教sob老师，为什么您说Mg2+只能说是离子键？

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[综合交流] 求助：金属蛋白中金属的配位键如何确定？

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