在amber中如何轨迹整合？将多条轨迹合并为一条

xxxi · 发表于 Post on 2020-3-23 09:08:04

请问在amber中如何轨迹整合？将多条轨迹合并为一条。

lijiayisjtu · 发表于 Post on 2020-3-23 09:17:52

trajin md1.nc
trajin md2.nc
trajin md3.nc
trajout md123.nc

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-3-23 14:25:11

< combine.in >
parm XXX.prmtop          #读取top文件
trajin md1.nc 1 25000 1  #读取轨迹1[起始帧结束帧每几帧取一次]
trajin md2.nc 1 25000 1  #读取轨迹2，不加后面的三个数字默认从头取到尾
autoimage                   #自动对齐，如果第两个轨迹是继续第一个轨迹做的可以不用，如果独立的两个可能会需要
trajout md12.nc          #输出合并轨迹

bash 命令使用cpptraj读取自己的脚本运行合并
cpptraj -i combine.in

xxxi · 发表于 Post on 2020-3-25 16:14:21

lijiayisjtu 发表于 2020-3-23 09:17
trajin md1.nc
trajin md2.nc
trajin md3.nc

感谢

xxxi · 发表于 Post on 2020-3-26 00:58:04

DoubeeTwT 发表于 2020-3-23 14:25
< combine.in >
parm XXX.prmtop #读取top文件
trajin md1.nc 1 25000 1 #读取轨迹1[起始帧 ...

感谢

dimoo · 发表于 Post on 2023-4-12 12:42:01

请问autoimage的作用是什么

PEANUT-JAM · 发表于 Post on 2024-1-2 13:34:04

dimoo 发表于 2023-4-12 12:42
请问autoimage的作用是什么

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