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[GROMACS] GROMACS可以做自由基的动力学模拟吗?

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本人目前想做一个富勒烯与自由基的分子动力学模拟,不知道GROMACS是否可以实现
事以密成,语以泄败

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发表于 Post on 2024-4-7 22:35:55 | 只看该作者 Only view this author
这听着像量化干的活。。
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发表于 Post on 2024-4-7 22:40:04 | 只看该作者 Only view this author
如果假定不发生反应,二者只是纯粹的分子间相互作用层面,GROMACS完全可以,用sobtop对二者产生拓扑文件即可
如果是牵扯反应的动力学,应当用CP2K/Gaussian/ORCA等等程序跑AIMD研究
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-7 22:58:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-7 22:40
如果假定不发生反应,二者只是纯粹的分子间相互作用层面,GROMACS完全可以,用sobtop对二者产生拓扑文件即 ...

感谢社长的回答!我还想请教下分子间相互作用层面如何体现出富勒烯对自由基产生的“吸附”作用或者两者之间有作用关系?
事以密成,语以泄败

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发表于 Post on 2024-4-8 02:45:05 | 只看该作者 Only view this author
zhangs 发表于 2024-4-7 22:58
感谢社长的回答!我还想请教下分子间相互作用层面如何体现出富勒烯对自由基产生的“吸附”作用或者两者之 ...

色散作用、静电作用、轨道相互作用,都可能可以成为显著的吸附的作用来源
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-4-9 22:28:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wanwan5339 于 2024-4-9 22:46 编辑
sobereva 发表于 2024-4-8 02:45
色散作用、静电作用、轨道相互作用,都可能可以成为显著的吸附的作用来源

sob老师,请问gromacs可以模拟自由基对药物进行作用吗?

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发表于 Post on 2024-4-10 03:23:17 | 只看该作者 Only view this author
wanwan5339 发表于 2024-4-9 22:28
sob老师,请问gromacs可以模拟自由基对药物进行作用吗?

如果是跟化学键形成/断裂有关的都不能
如果只是弱相互作用层面的可以
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发表于 Post on 2024-4-10 13:00:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-10 03:23
如果是跟化学键形成/断裂有关的都不能
如果只是弱相互作用层面的可以

好的,谢谢老师。
我看到有文献用ReaxFF 力场在lammps中模拟羟基自由基对DNA的损伤,请问lampps可以用来模拟自由基与药物之间反应吗

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发表于 Post on 2024-4-11 01:20:44 | 只看该作者 Only view this author
wanwan5339 发表于 2024-4-10 13:00
好的,谢谢老师。
我看到有文献用ReaxFF 力场在lammps中模拟羟基自由基对DNA的损伤,请问lampps可以用来 ...

但凡DFT,甚至半经验级别的方法算得动MD的情况,就不要考虑reaxFF,普适性和精度都差得多
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发表于 Post on 2024-4-11 11:14:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-11 01:20
但凡DFT,甚至半经验级别的方法算得动MD的情况,就不要考虑reaxFF,普适性和精度都差得多

好的,谢谢sob老师

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