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[CP2K] 请教CP2K进行AIMD时如何在轨迹文件中显示盒子的问题

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Level 4 (黑子)

       老师们好,我最近在学习使用CP2K的metadynamics,最近用一个体系test了一下。体系的初猜如图,我采用的CV有两个,一个是O原子之间的距离,另一个是O与石墨上吸附的H的距离。CV与时间的关系如图所示,其中红色代表的CV是O与H原子之间的距离,黑色表示O与O之间的距离。发现在6ps的时候O-OH发生了解离,OH夺取了石墨上的H生成了H2O。而这之后生成的水越飞越远,停止模拟时的末态如图,按理说代表O与O距离的CV值会越来越大,然而在6.5ps的时候该CV却急剧减小了。后来我把.restart文件生成的.cif放到VESTA中才发现,原来是因为周期性结构,实际上这个水分子是和*-O上的O结合了。这让我想到之前看到的一篇用CP2K进行AIMD的文章Acceleration vs Accuracy: Influence of Basis Set Quality on the Mechanism and Dynamics Predicted by Ab Initio Molecular Dynamics | The Journal of Physical Chemistry C (acs.org),其提供的轨迹文件的视频显示小分子从盒子的下边缘飞出后,会出现在盒子的上边缘。
        对此我有两个问题:
        1,如何让盒子出现在AIMD的轨迹文件中呢?
        2,怎样才能做到这个文献中的效果呢?
        感谢您的阅读,望各位老师能不吝赐教,谢谢。



202401042124289351..png (48.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

VESTA中的视图

VESTA中的视图

202401042121544694..png (40.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

.xyz文件的末态

.xyz文件的末态

202401042118233609..png (17.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

CV图

CV图

202401042116169878..png (76.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

初猜

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